Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGGGAGATGAGCAGCAAGCAAGCTCACAACATGCAACAATGACTGAGCGTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgtttttgttgcatttatctatgtgtaattgcttgtttttctacttgctaaactggaatataataatctatgcattataatatttggttggttgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G08290.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58019852|gb|CX706594.1|CX706594
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|58023403|gb|CX710144.1|CX710144
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|57574672|gb|CX547647.1|CX547647
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|208232773|gb|GE030006.1|GE030006
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAA
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAA
EST: gi|6847457|gb|AW349818.1|AW349818
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|254318747|gb|GR830311.1|GR830311
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|151395379|gb|EV265250.1|EV265250
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|208310463|gb|GE107713.1|GE107713
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|6069956|gb|AW099536.1|AW099536
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|208106341|gb|GD905542.1|GD905542
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAAT
EST: gi|209715415|gb|BW684699.1|BW684699
EST:     GTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|37995492|gb|CF807081.1|CF807081
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: gi|208047939|gb|GD848732.1|GD848732
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAA
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAA
EST: gi|208244218|gb|GE042515.1|GE042515
EST:     GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG                         GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAGGGAGATGAGCAGCAAGCAAGCTCACAACATGCAACAATGACTGAGCGTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgtttttgttgcatttatctatgtgtaattgcttgtttttctacttgctaaactggaatataataatctatgcattataatatttggttggttgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA