Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttccctcctccttgctttctgtttttcatttgcattgggacaatgaagaagtgagggtctattctgaaaaaatttaaaaggctacccattaaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G07530.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G07530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g47600.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc-cctcctccttgctttctgtttttcatttgca-----ttgggacaatgaagaagtgagggtctattctgaaaaaatttaaaaggctacccattaaa
||||  ||  | ||||| |  ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||   |  |   |||||||||| | |||       | |      |    |  ||   |  ||   ||   || ||  | |  | |     | |  | |    
GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGCCTATGATTGATCAGgttaaatcccatcatgtccttgctttttttttagagaggggaaattcctccatccttggttacatggaagttgcttttgttaga--taaggtttccatgctt----

upper sequence: GLYMA11G07530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT2G18230.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
GAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaa--aagttccctcctccttgctttctgtttttcatttgcattgggacaatgaagaagtgagggtc-tattctgaaaaaatttaaaaggctacccattaaa
|| || |||||  | || || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||  ||    | |   ||    | |   | | |    || |||     | | |  ||    |  ||   || |    ||| ||  |               
GAGCCTGTGCTAACCGGATCATTCCTCCGTGCCCGTGCTATTGGTCTAATGCCCATGATTGATCAGgtaacaaaaactcttaaacccaattctacctctatgtaatgtattaccttagtaagaaaccaggaatcaccttgttctgaaacttgcag--------------

upper sequence: GLYMA11G07530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0023g02050.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttccctcctccttgctttctgtttttcatttgcattgggacaatgaagaagtgagggtctattctgaaaaaatttaaaaggctacccattaaa-
|| || || || |||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||      || | ||   | |   |||||  | |  |     | |||       ||||     | | | |   |||  ||| || |    |  ||| 
GAGCCGGTACTGCCTGGTTCTTTTCTTCGTGCTCGTGCGATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGgtaaaaaaaatttctttctctgtctaactttttattcttgacatccagaatcttcttttgagtaaacactattacccaatc-aaagggttgtttaggaaaa

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22928719|gb|BU545858.1|BU545858
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|33390382|gb|CA853577.1|CA853577
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAG
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAG
EST: gi|10235681|gb|BE804569.1|BE804569
EST:     GTTCCTTACTTCGTGCTCGGGCTGTTGGACTAATGCCTATGATAGACCAA                         GGTGAGATGGATGACATGATC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATC
EST: gi|58018488|gb|CX705230.1|CX705230
EST:     GTTCCTTCNTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCNTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCNTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|151395789|gb|EV265666.1|EV265666
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|254328447|gb|GR835412.1|GR835412
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|58014268|gb|CX701010.1|CX701010
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192310085|gb|FK000649.1|FK000649
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192316515|gb|FK009312.1|FK009312
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192331258|gb|FK023769.1|FK023769
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGTGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192310086|gb|FK000650.1|FK000650
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192321263|gb|FK014353.1|FK014353
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|58022382|gb|CX709123.1|CX709123
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|58017496|gb|CX704238.1|CX704238
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|10254828|gb|BE822594.1|BE822594
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|31469770|gb|CD411798.1|CD411798
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|151402592|gb|EV272405.1|EV272405
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|15661703|gb|BI699074.1|BI699074
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192333274|gb|FK026155.1|FK026155
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|7686402|gb|AW757050.1|AW757050
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         TGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|209729103|gb|BW655080.1|BW655080
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|37996150|gb|CF807739.1|CF807739
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192333273|gb|FK026154.1|FK026154
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|22930561|gb|BU547700.1|BU547700
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192323914|gb|FK015665.1|FK015665
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|15203687|gb|BI426455.1|BI426455
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGCTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|11273956|gb|BF324342.1|BF324342
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATA
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATA
EST: gi|21595665|gb|BQ610566.1|BQ610566
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|213596795|gb|DB964086.1|DB964086
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|26057763|gb|CA800677.1|CA800677
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|19452855|gb|BM954265.1|BM954265
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|58017619|gb|CX704361.1|CX704361
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192325458|gb|FK018399.1|FK018399
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|12689521|gb|BG155857.1|BG155857
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|151406239|gb|EV276054.1|EV276054
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|193495770|gb|FK461108.1|FK461108
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|254336463|gb|GR842642.1|GR842642
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|17022265|gb|BM093299.1|BM093299
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|15814337|gb|BI786612.1|BI786612
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|6481455|gb|AW200726.1|AW200726
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         NGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192321262|gb|FK014352.1|FK014352
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192316544|gb|FK009313.1|FK009313
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|9986810|gb|BE660918.1|BE660918
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|192294924|gb|FG986647.1|FG986647
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
EST: gi|209711074|gb|BW676430.1|BW676430
EST:     GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAG                         GGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC
genomic: GTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttc ... tctgctacagGGTGAGAGGGATGACAAGATCATAGCAGTTTGTGCTGATGACCCTGAGTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAACCCGTGCTTCCTGGTTCCTTCCTTCGTGCTCGTGCTATTGGACTAATGCCTATGATTGACCAGgtaaaagttccctcctccttgctttctgtttttcatttgcattgggacaatgaagaagtgagggtctattctgaaaaaatttaaaaggctacccattaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcctcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgaggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaaaaaa