Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATAGCTTCTGATGGTATTTGGGATGCTTTATCTTCTGATATGGCTGCCAAGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgttaattgggccaatcttactatcttttcaggaatgaatgttccattatcttctctactcaatgttttgtgtttttctcttccattttttaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G29060.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G29060.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os07g49040.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TATAGCTTCTGATGGTATTTGGGATGCTTTATCTTCTGATATGGCTGCCAAGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgttaattgggcca-atcttactatcttttcaggaatgaatgttcc----attatcttctct-----actcaat-----gttttgtgtttttctcttccattttttaacag--
 || || || |||||||| ||||||||  || | |||||    || || ||| ||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| |  ||  |||   | | |    |  ||  |    | | |||| |    | ||| |    |     |||||||       |||    |    | || | |||  | |     
CATCGCATCAGATGGTATATGGGATGCACTACCCTCTGAAGCAGCAGCAAAGGCATGCCGAGGTTTACCTGCAGAACTGGCTGCAAAGCTTGTGGTTAAGgtaattctgcatgtggctgtagcctgtagtacttatacatgtcattgttgctcgtagtatttggcatggtggactcaattacaaactttaatatccatttttacgtttactcatgcag

upper sequence: GLYMA10G29060.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv14s0060g01580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TATAGCTTCTGATGGTATTTGGGATGCTTTATCTTCTGATATGGCTGCCAAGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgttaattgggccaatcttactatcttttcagg--aatgaatgttccattatcttctctactcaatgtt-ttgtgtttttctcttccattttttaacag
||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  | | |   || |  | || ||  |  | |||    ||  ||||    ||  ||| | |  |  || || || |   | ||| ||| | | || |    
TATTGCTTCTGATGGAATCTGGGATGCTTTATCATCTGACATGGCTGCTAAGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctgacatgggctctttt-ctgacagtccagactgatccatgtcgacttccctttttttttttatcttattatacctgtctgttc-actgttcag---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6134100|gb|AW132493.1|AW132493
EST:     TCATGGCCGGG-TGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAATAGCTG-TGGTTNAT                         GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAACGATGATACGACTTGCCTTGT
genomic: TCATG-CCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAA-AGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGT
EST: gi|57574427|gb|CX547402.1|CX547402
EST:     AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAG                         GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: gi|37996834|gb|CF808423.1|CF808423
EST:     AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAG                         GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: gi|120496010|gb|EH224177.1|EH224177
EST:     GTGTACCTCCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGTTGGTTAAG                         GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
genomic: GTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: gi|193669990|gb|FK613136.1|FK613136
EST:     GTGTACCTCCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGTTGGTTAAG                         GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
genomic: GTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: gi|12488733|gb|BG042256.1|BG042256
EST:     AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAG                         GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: gi|37995750|gb|CF807339.1|CF807339
EST:     AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGTTTTTGGTTAAG                         GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: gi|57574161|gb|CX547136.1|CX547136
EST:     AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAG                         GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATAGCTTCTGATGGTATTTGGGATGCTTTATCTTCTGATATGGCTGCCAAGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgttaattgggccaatcttactatcttttcaggaatgaatgttccattatcttctctactcaatgttttgtgtttttctcttccattttttaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG