Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAACTATTATGAAATCGACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgatcaagctttccttgattgttttattctacttattatataactcaataataatgatattttatgctgtttttttatagtatacttcttcaacttaacataatacttgattgcaagacaattatttgaagccttctatttgattgcatctaaatgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G06580.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8284137|gb|BE021696.1|BE021696
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTTGT-GCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTT-GTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATT
EST: gi|6454402|gb|AW185085.1|AW185085
EST:     GACACTACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGC-AACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|213618065|gb|DB963698.1|DB963698
EST:     GACACTACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|12689938|gb|BG156274.1|BG156274
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|17022031|gb|BM093065.1|BM093065
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|12690012|gb|BG156348.1|BG156348
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|151394548|gb|EV264419.1|EV264419
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|5606299|gb|AI900405.1|AI900405
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|120531830|gb|EH259963.1|EH259963
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|19936079|gb|BQ080713.1|BQ080713
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|16348521|gb|BI974116.1|BI974116
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTCTGAGCATTT
EST: gi|16105072|gb|BI892812.1|BI892812
EST:     GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAG                         GTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTC
genomic: GACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgat ... ctaaatgtagGTCCCTTGTTGCCAACTTATCAGCTGCAAATTGCTACAAGTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTAACTATTATGAAATCGACAATACACCTACAGGAACTTGTGCTGTTTGTGTGGTTGGTGGTGAAAGgtcagacgatcaagctttccttgattgttttattctacttattatataactcaataataatgatattttatgctgtttttttatagtatacttcttcaacttaacataatacttgattgcaagacaattatttgaagccttctatttgattgcatctaaatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG