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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAGgttcaacatctccaaaaattttatcagttgttttccactctacagaagcagtttgtggtcattgatttattcctttttctttattctgctttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G41330.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G41330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv06s0004g00180.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAGgt-tcaacatctccaaaaattttatcagttgttttccactctacagaagcagt----ttgtggtcattgatttatt-cctttttctttattctgctttag--------------------------
|||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |  |   |   | |  | |       |||  |  |  | |     |   |    || |  || ||| ||| || ||  | |  ||||| |   ||                            
TATGCTCGAATTATTCAGAAGCTCGGTTTTCCAGCTAAATTTAAGgtatttattccattacatctctctctctctgtgatgtagccaatttctgttatgctattcttctccttgtttttttgccactgttcttattttatattgactgctgttttttattgtgggatgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254336235|gb|GR842414.1|GR842414
EST:     TATGCTAGAATTATCCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAG                         GATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
genomic: TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAGgttcaacatc ... tctgctttagGATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
EST: gi|254334604|gb|GR844389.1|GR844389
EST:     TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAG                         GATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
genomic: TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAGgttcaacatc ... tctgctttagGATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
EST: gi|19270744|gb|BM887000.1|BM887000
EST:     TATGCTAGAATTATCCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAG                         GATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
genomic: TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAGgttcaacatc ... tctgctttagGATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
EST: gi|21887668|gb|BQ740881.1|BQ740881
EST:     TATGCTAGAATTATCCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAG                         GATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
genomic: TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAGgttcaacatc ... tctgctttagGATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
EST: gi|254334605|gb|GR844390.1|GR844390
EST:     TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAG                         GATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT
genomic: TATGCTAGAATTATTCAAAAGCTTGGTTTCCCAGCTAAATTTAAGgttcaacatc ... tctgctttagGATTTTAAGATTCAGAACATTGTTGGCTCTTGTGATGTCAAGTTCCCCATT