Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGGTACATTTGCAACTCCATTGAACCAGAAGGCCCTTGCCCTTGGCGCTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagcctgttctttaaaatttagtttgatggaaacaacacaaattttactatttcagtagttcatagttaagcatcaaggaatgtttttcctctttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G37020.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254313663|gb|GR831292.1|GR831292
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|13311670|gb|BG405321.1|BG405321
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|151406835|gb|EV276650.1|EV276650
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|17153398|gb|BM143331.1|BM143331
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GCCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAACTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|16346611|gb|BI972206.1|BI972206
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GCCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAACTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|18712556|gb|BM522662.1|BM522662
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|7796714|gb|AW782108.1|AW782108
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|13790160|gb|BG652751.1|BG652751
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|18720947|gb|BM523284.1|BM523284
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GCCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAACTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|305377733|gb|HO651964.1|HO651964
EST:     CCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|254313664|gb|GR831293.1|GR831293
EST:     CAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTT-GTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|254343669|gb|GR857425.1|GR857425
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GCCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAACTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATGGTACATTTGCAACTCCATTGAACCAGAAGGCCCTTGCCCTTGGCGCTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagcctgttctttaaaatttagtttgatggaaacaacacaaattttactatttcagtagttcatagttaagcatcaaggaatgtttttcctctttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA