Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAACCTAATGTTCATACCTATGGAGCACTTATTGATGGTTGTGCTAGAGCTGGGCAAGTGGCTAAAGCATTTGGTGCTTATGGAATTATGAGGTCAAAGgtacaattattgcaaaatgtatttctaaagaactatattcacagtggtatgagttgagttcctcccagttttttaattgtacatgctgatgtgatgtttaatgcagtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G35270.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G35270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os10g10170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GGAACCTAATGTTCATACCTATGGAGCACTTATTGATGGTTGTGCTAGAGCTGGGCAAGTGGCTAAAGCATTTGGTGCTTATGGAATTATGAGGTCAAAGgtacaattattg-caaaatgtatttctaaagaactatattcacagtggtatgagttg-agttcctcccagttttttaattgtacatgctgatgtgatgtttaatgcagtag--------------------
 || || |||||| | || ||| | ||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  | |  | |  |   | | ||| || |  ||     |  || |    || | || |  | || |  ||   | | || ||   |||  |   ||||||  || | |                      
AGAGCCAAATGTTAACACATATAGTGCACTGATTGATGGCTGTGCAAAAGCTGGTCAAGTAGCAAAAGCATTTGGTGCTTATGGTATCATGAGTTCAAAGgtgaagtggtagatattttttctttttatattacatgtcttccattcacctgtgctgcaaatgctactggtgaatcacttctatgcgct--ttccatgtttgttgaacttactgggccatacttgcagtag

upper sequence: GLYMA09G35270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT4G34830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GGAACCTAATGTTCATACCTATGGAGCACTTATTGATGGTTGTGCTAGAGCTGGGCAAGTGGCTAAAGCATTTGGTGCTTATGGAATTATGAGGTCAAAGgtacaattattgcaaa-----atgtatttctaaagaac---tatattcacagtggtatgagttgagttcct---cccagttttttaattgtaca----tgctgatgtgatgtttaatgcagtag---------------------------------------------
|||| | ||| |||| || | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    |    |||      |||   | |||         || |||   |    ||     |   ||| |     |||||||||  || |  |    |||| || || |  ||  |||  | |                                             
GGAAGCCAATCTTCACACATTTGGTGCACTTATTGATGGCTGTGCTAGAGCTGGACAAGTAGCTAAGGCATTTGGTGCGTATGGAATTTTAAGGTCTAAGgtaagcatgccacaagtttggatgccctcctatcatgtgtttagatttcaaaaaataccctatttcttcatggctacagttttttttttttttaattctgcttatatgttcatttctgctttggaatctcaaatcaattattacattgatgacatgttcgatgcagtag

upper sequence: GLYMA09G35270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv03s0038g01320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GGAACCTAATGTTCATACCTATGGAGCACTTATTGATGGTTGTGCTAGAGCTGGGCAAGTGGCTAAAGCATTTGGTGCTTATGGAATTATGAGGTCAAAGgtacaattattgcaaaatgtatttctaaagaactatattcacagtggt-------------atgagttgagttcctcccagttttttaattgtacatgctgatgtgatgtttaatgcagtag----------------------------------------------------
|||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||| | |  | |  | |||||||    || | ||  || |  |             |||| || |  ||        ||| ||   | |||| |     || |  ||  |||    |                                                    
GGAACCAAATGTTCATACATATGGTGCACTTATTGATGGTTGTGGTAGAGCTGGACAAGTTGCTAAGGCATTTGGTGCTTATGGAATAATGAGGTCCAAGgtatgattttagtcatagat-tttctaatctcctttgttagcacttttctttttcgttccaatgatttcatgtctatggtagtttgtacaagaacatcccagcttgttcatttttgcttctgcattttgaatattaaataagtttcaaactgataagatgttgatatgcagtag