Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCTTCCCCATGATGCATACAAGCTTCTTGCGGTGCCATCGCCAATAGGTGGCGTTCTTGTAATTGGTGCTAACACTATTCATTATCACAGTCAGgtaaacatgttgcctaggcataatcatgcaatgtcttcctcagattctgtaaattgaaaagatatttaattgtagttttgtgtgtattcttacattttacggtttttggtttgtaagagatagagaataatctaattatataggttgtttttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G28030.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G28030.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv16s0022g01860.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
AATCTTCCCCATGATGCATACAAGCTTCTTGCGGTGCCATCGCCAATAGGTGGCGTTCTTGTAATTGGTGCTAACACTATTCATTATCACAGTCAGgtaaacatgttgcctaggcataatcatgcaatgtcttcctcagattctgtaaattgaaaagatatttaattgtagttttgtgtgtattcttacattttacggtttttggtttgtaagagatagagaataatctaattatataggttgtttttgcag
||||| || |||||||| |||||||||||| | ||||| || ||||| ||||| ||| |||||||| |||| ||  |||||||||| || || |||||| || | || ||     ||     || |||      ||||| |||  ||| |        | | |  ||  | ||||     || | |   | ||| | | ||    | |                                            
AATCTCCCACATGATGCTTACAAGCTTCTTCCAGTGCCTTCTCCAATTGGTGGAGTTGTTGTAATTAGTGCAAATTCTATTCATTACCATAGCCAGgtagacttctt-ccattttatggcagtgtaat----ctctcagcttc-ataattc------ttttctcctttcatttttactgttaatgtgctaatttcctgcttgaattct--------------------------------------------