Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagttgcatatattaaatattctccaaacagcctgaatgtgaatttagtttttcttcaaggatgcgtttgttacatagtacaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G11960.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G11960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g59700.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagttgcatatatt----aaatattctccaaacagcctgaatgtgaatttagttt--ttcttcaaggatgcgtttgttacatagtacaa
||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| | | |   || || | |    | |  |     |  |   | | |||||| || |  ||  |  ||| |  || || |   |     |   || ||       
TTCTTTATAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccctcattttgaatgctttgtgctctcggagcaacattccaacagcatgtacttgtctacagtatgtttttttacttacagagtaaatatatg------

upper sequence: GLYMA09G11960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G057329_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagttgcatatattaaatattctccaaacagcctgaatgtgaatttagtttttcttcaaggatgcgtttgt-tac--atagtacaa-----
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||   ||||  ||| |   ||      | |   ||||  |   | |  ||||  |||||  | |||| |||  | ||  |||  | ||||  |     
TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTATTTGGGgtaagctt-acttgattcaaatgcttccttt------tttgtgaacactccttaggataatt-ggttttattgcaagtatgtatatgcatacctacagtattagggtt

upper sequence: GLYMA09G11960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT2G38730.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagttgcatatattaaatattctccaaacagcctgaatgtgaatttagtttttcttcaaggatgcgtttg-ttacatagtacaa
||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    |      | ||   | | |||   ||    |    |    | ||    || |   |  |    |    | | |||| ||     ||||| 
TTCTTCATCACTTGTGCAAAATGCGATTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtacgttctctttaagctatttaattttcttatgcatatgaccggtaata-gtattgatatatgactcattgcaatttcttcttttgattttgatgtacag

upper sequence: GLYMA09G11960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv13s0084g00620.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagt----tgcatatattaaatattctccaaacagcctgaatgtgaatttagtttttcttcaaggatgcgtttgttacatagtacaa
|||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |     ||||   |     ||  |   ||  | | |||   || |  |||||    ||  || | | ||||  |  |  |   |||    |  |    
TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTATTCGGGgtatgttctctaatctcttgccctctgggttctttgtaaagtctttcaatatgctgaaaccaaaaatattatgtcttttacaagaccaatgtctgttctt----

upper sequence: GLYMA09G11960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: EFJ31848 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 6
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatg--cttcactatcttcagttgca-----tatattaaatattctccaaacagcctgaatgtgaatttagtttttcttcaaggatgcgtttgttacatagtacaa
||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |  |||| | | ||| || ||||      ||  |  || || ||||                                                         
TTCTTTATAACTTGCGCCAAATGCGACTGGCTCGACAACAAGCATGTGGTGTTTGGAgtaagttcttctcaaacttgagctgcaaaactcatgctctattttttccag--------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA09G11960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: EFJ38013 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 6
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatg--cttcactatcttcagttgca-----tatattaaatattctccaaacagcctgaatgtgaatttagtttttcttcaaggatgcgtttgttacatagtacaa
||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |  |||| | | ||| || | ||      ||  |  || || ||||                                                         
TTCTTTATAACTTGCGCCAAATGCGACTGGCTCGACAACAAGCATGTGGTGTTTGGAgtaagttcttctcaaacttgagctacaaaactcatgctctattttttccag--------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6719223|gb|AW306870.1|AW306870
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGT
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGT
EST: gi|151409781|gb|EV279589.1|EV279589
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|192325817|gb|FK018039.1|FK018039
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGGACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|15286510|gb|BI470401.1|BI470401
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|193693132|gb|FK633737.1|FK633737
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|192320580|gb|FK011990.1|FK011990
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298182560|gb|HO031295.1|HO031295
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|17023477|gb|BM094511.1|BM094511
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|208125827|gb|GD922033.1|GD922033
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGCCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298188736|gb|HO035429.1|HO035429
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTG
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTG