Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaaaatattccaatttatttatataaaattgtgtattatttttgcataaccagaattgttgatgctaagttcaacaatggaagcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G06650.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26057707|gb|CA800621.1|CA800621
EST:     GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG                         GGCCTAATGACCCCCGTTGGTT
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTT
EST: gi|7795266|gb|AW780663.1|AW780663
EST:     GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG                         GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: gi|254333555|gb|GR848473.1|GR848473
EST:     GCATGCTTGTAG                         GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
genomic: GCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: gi|22929152|gb|BU546291.1|BU546291
EST:     GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG                         GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: gi|209726446|gb|BW662811.1|BW662811
EST:     GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG                         GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: gi|254325977|gb|GR838858.1|GR838858
EST:     GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG                         GGCCTA-TGACCCC-GT-GGTTTGGTGGTGT-GGTG-TATTGGTGGAGA
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGA
EST: gi|22928233|gb|BU545372.1|BU545372
EST:     GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTCGTAG                         GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTCGGTGGTGTCGGTGGTATTGGTGGAGATC
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: gi|192296179|gb|FG991549.1|FG991549
EST:     GGGTGGTCATGGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG                         G-CCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGG
genomic: GGGTGGTCATGG-CATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaaaatattccaatttatttatataaaattgtgtattatttttgcataaccagaattgttgatgctaagttcaacaatggaagcag

- - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - TGGAAG