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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTCAAGCTCATCCAGTTGGCAGCTCTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgttgtttatgcatatcttctctggccattttactcactaaaatgcatatgtaaggttttatttaaaaatataaaacttgaggttaaacattgtttcattttcttctttgtatatagttatcatggtactgcattatttttcatttgtttcattttagattaaattattaaaatcatagtttatttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G01270.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208298210|gb|GE095847.1|GE095847
EST:     CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATG                         GCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
genomic: CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
EST: gi|151405820|gb|EV275635.1|EV275635
EST:     AGTTGGAAATG                         GCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
genomic: AGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
EST: gi|254346898|gb|GR856620.1|GR856620
EST:     CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATG                         GCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGAT
genomic: CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGAT
EST: gi|6567242|gb|AW234853.1|AW234853
EST:     CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATG                         GCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
genomic: CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
EST: gi|213601975|gb|DB976222.1|DB976222
EST:     CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATG                         GCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
genomic: CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
EST: gi|151410471|gb|EV280286.1|EV280286
EST:     CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATG                         GCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAA-CCTGTGGATATTAAC
genomic: CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
EST: gi|7924174|gb|AW830200.1|AW830200
EST:     CTACCCGCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAGATG                         GCTACTATTGTTGGACCT
genomic: CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCT
EST: gi|208203370|gb|GD998810.1|GD998810
EST:     CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATG                         GCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
genomic: CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC
EST: gi|192327116|gb|FK015508.1|FK015508
EST:     CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAA-TG                         GCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAA-CCTGTGGATATTA-C
genomic: CTACCCCCTACTTTGGCCCTTCATTAAAGCTAGACTTTGAGTTGGAAATGgttagcttgt ... ttatttgcagGCTACTATTGTTGGACCTGGAAATGAATTGGGAAAACCTGTGGATATTAAC