Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgttatacacaatgctttattctatttatattatattttattgttttgttcacatcttttagttcatggtttgtcattagagttacattatatgc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19130.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24136249|gb|BU926759.1|BU926759
EST:     ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAG                         AAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
genomic: ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgtta ... cctttttcagAAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
EST: gi|8670096|gb|BE191203.1|BE191203
EST:     ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAG                         AAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
genomic: ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgtta ... cctttttcagAAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
EST: gi|9819650|gb|BE555163.1|BE555163
EST:     ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAAGGTTTTTGATCGTGAAGCAG                         AAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
genomic: ATGTTTATCATGAAAAGCAAG-AGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgtta ... cctttttcagAAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
EST: gi|151397861|gb|EV267734.1|EV267734
EST:     ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAG                         AAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
genomic: ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgtta ... cctttttcagAAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
EST: gi|207812273|gb|GD784446.1|GD784446
EST:     ATGTTTATCATGAAAAGCGAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAG                         AAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
genomic: ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgtta ... cctttttcagAAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
EST: gi|10255431|gb|BE823197.1|BE823197
EST:     ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAANNAG                         AAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGNNAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
genomic: ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgtta ... cctttttcagAAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
EST: gi|208307048|gb|GE101560.1|GE101560
EST:     ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAG                         AAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG
genomic: ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgtta ... cctttttcagAAGGATATGAGAAGTTAGCCCAGGCAAATTATGATATGTTTGCTGATGATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGTTTATCATGAAAAGCAAGAGGTTTTTGATCGTGAAGCAGgtcagtgttatacacaatgctttattctatttatattatattttattgttttgttcacatcttttagttcatggtttgtcattagagttacattatatgc

- - - - - - - AAGCAA
- - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC