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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G06590.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g67126.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgat---caaattgaata----atctgtgattgtttacag-------------------------------------------------------------------------------
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CTATGTTGAACCAGCTGATGAAAGGAGGCCTTTCCGTGCTCTCTTGGATGTTGGCCTCATTAGGACAACCACTGGAAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtg---tgttgtgctttgatctcaactgttg-gctgctgtaataatagttgatttgtcacttgaacatcaaattcatcagctcttttagaaacacaaccgtcaatataacctttggattgttgatctgtattagtagctcatgtggatatacttctcttcttctgcag

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcat---actgtaa-tgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaat-tgaataatctgtgattgtttacag-------------------------------------------------------------------------------
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CTATGTTGAACCAGCTGATGAAAGGCGGCCTTTCCGTGCTCTCTTGGATGTTGGCCTCATTAGGACAACCACTGGAAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtgtgttgtgctttgatcgcaactgttggctgctgtaataatagttgatttatcacttgaacatcaaattcctcagctcttttagaaacacaaccgttacgataacctttggattgttgatctgtattagtagctcatgtggatatacttctcttttcttctgcag

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM5G815894_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgta---atctatc-----atactgtaatgtta--atcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaataatc-tgtgattgtttacag---------------------------------------------------------------------------------
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CTCTGTTGAGCCAGCTGATGAGAGGAGGCCTTTCCGTGCTCTCTTGGATGTTGGCCTTATTAGGACTACAACTGGGAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtacatgtcttccttttgatgtcatgatgttatatttggggtgtttgtttgtagttagctcattaatagtaataataatttttttgcatgaacttgttgtacaaggcatcttttatggtgactggttttccatctctgtagttttttaacgtttgttgcattatgttgctgcag

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G163081_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgta---atctatcat-----actgtaatgtta-atcagtgtgattttgttttaatggttgatcaa-attgaataatctgtgat-tgtttacag---------------------------------------------------------------------
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CTCTGTTGAGCCAGCTGATGAGAGGAGGCCTTTCCGTGCTCTCTTGGATGTTGGCCTTATCAGGACTACAACAGGGAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtatatatcttctgtttgttaccatgatattatattggtgtcattgtttgtatttagcccatcaagaataatcattttttcatgtgcttgctgtaagagtcatctcttgttgtggtgaacgatttcccatctctctagcccctttaacgtttgttgccgcag

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G090738_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaa--------tctatcat-----actgta---atgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgat--caaattgaataatctgtgattgtttacag---
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CTCTGTCGAGCCAGCGGAAGAGAGGAGGCCTTTCCGTGCCCTCTTAGATGTCGGCCTTATTAGGACTACTACTGGAAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtatattccttctttatcatgaatgattgtatacatatgatacattttccttgtgttttggttgtaggtggcttatcaagaaaacttt---tttatacgatct

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G39740.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatactgtaatg---------ttaatcagtgtgattttgttttaatggtt----gatcaaattgaataatctgtgattgtttacag---------------------
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TTCTGTGGAACCAACTGATTCCAGAAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGATGTTGGACTTATCAGGACTACCACTGGAAACCGTGTGTTTGGTGCACTCAAGgtattgtgttttaatgtggttgtctgtgttcttatctgttgtatagtgtgttcatgatttgaagatgatgctagcaatcctttaataccctgttggtttgcttcatgaaactatag

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT3G25520.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgta---atctatcatactgtaatgttaatcagtgtgatt--ttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacag-----------------------------
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TTCCGTTGAGCCAACTGATTCAAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGATGTTGGACTTATCAGGACCACAACAGGAAACCGTGTGTTCGGTGCTCTTAAGgtattaacttgtttctctttttttgttgtgagtgctcttatttgtcattcttcttgagcaaatgcttatactggcaattctttaatatccttttggttcgctgtttgaatctgtag

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv05s0094g00870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacag--------------------
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CTCTGTTGAACCCACAGATAGCAGGAGGCCATTCCGTGCCCTTCTTGATGTTGGGCTTGTGAGAACAACAACTGGCAACCGTGTTTTTGGTGCTCTGAAGgtattatattttaca--agcctcgctcagttgctcactttttttgcgtacagttaaagtccgtctttttattttgcacttgaaataatatgactatacatct

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208084710|gb|GD879256.1|GD879256
EST:     ACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: ACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|207731612|gb|GD707995.1|GD707995
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208333314|gb|GE132799.1|GE132799
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208131483|gb|GD926476.1|GD926476
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208277662|gb|GE074837.1|GE074837
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGTCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|207819312|gb|GD792774.1|GD792774
EST:     TGGTCTTATTAGGACTACAAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGGTGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TGGTCTTATTAGGACTAC-AACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|6566946|gb|AW234576.1|AW234576
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTTGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208254161|gb|GE051631.1|GE051631
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|254340071|gb|GR858196.1|GR858196
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|254323520|gb|GR835966.1|GR835966
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193731522|gb|FK665348.1|FK665348
EST:     TTGGTG-CC-TAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|18039738|gb|BM308032.1|BM308032
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|207745229|gb|GD715933.1|GD715933
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208214878|gb|GE014189.1|GE014189
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193388362|gb|FK357055.1|FK357055
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193491156|gb|FK453789.1|FK453789
EST:     CTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGACGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: CTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193385687|gb|FK350279.1|FK350279
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|308099024|gb|HO760865.1|HO760865
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193408768|gb|FK371540.1|FK371540
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTG-TTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|18039402|gb|BM307705.1|BM307705
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193686566|gb|FK625581.1|FK625581
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208068803|gb|GD864133.1|GD864133
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|38193488|gb|CF922694.1|CF922694
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|207847657|gb|GD818248.1|GD818248
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGAT-GGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|9203772|gb|BE329996.1|BE329996
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGAATGGGGGGTTG-ATATTCCTCACAGTGACTAGAAGGTT-G
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGA-TGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGA-GGTTTG
EST: gi|14259153|gb|BG882061.1|BG882061
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|37996752|gb|CF808341.1|CF808341
EST:     TGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATNNNNNNNNTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTG
genomic: TGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTG-TTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGG--TTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTG
EST: gi|193419596|gb|FK384002.1|FK384002
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
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