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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G06580.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g67126.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgat---caaattgaata----atctgtgattgtttacag-------------------------------------------------------------------------------
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CTATGTTGAACCAGCTGATGAAAGGAGGCCTTTCCGTGCTCTCTTGGATGTTGGCCTCATTAGGACAACCACTGGAAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtg---tgttgtgctttgatctcaactgttggctgctgtaataatagttgatttgtcacttgaacatcaaattcatcagctcttttagaaacacaaccgtcaatataacctttggattgttgatctgtattagtagctcatgtggatatacttctcttcttctgcag

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaa---ttgaat----aatctgtgattgtttacag---------------------------------------------------------------------------------
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CTATGTTGAACCAGCTGATGAAAGGCGGCCTTTCCGTGCTCTCTTGGATGTTGGCCTCATTAGGACAACCACTGGAAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtg---tgttgtgctttgatcgcaactgttggctgctgtaataatagttgatttatcacttgaacatcaaattcctcagctcttttagaaacacaaccgttacgataacctttggattgttgatctgtattagtagctcatgtggatatacttctcttttcttctgcag

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM5G815894_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgta---atctatc-----atgctgtaatgtta--atcagtgtgattttttttaat-ggttgatcaaattgaataatc-tgtgattgtttacag---------------------------------------------------------------------------------
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CTCTGTTGAGCCAGCTGATGAGAGGAGGCCTTTCCGTGCTCTCTTGGATGTTGGCCTTATTAGGACTACAACTGGGAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtacatgtcttccttttgatgtcatgatgttatatttggggtgtttgtttgtagttagctcattaatagtaataataatttttttgcatgaacttgttgtacaaggcatcttttatggtgactggttttccatctctgtagttttttaacgtttgttgcattatgttgctgcag

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G163081_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgta---atctatcat-----gctgtaatgtta-atcagtgtgattttttttaat-ggttgatcaa-attgaataatctgtgat-tgtttacag---------------------------------------------------------------------
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CTCTGTTGAGCCAGCTGATGAGAGGAGGCCTTTCCGTGCTCTCTTGGATGTTGGCCTTATCAGGACTACAACAGGGAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtatatatcttctgtttgttaccatgatattatattggtgtcattgtttgtatttagcccatcaagaataatcattttttcatgtgcttgctgtaagagtcatctcttgttgtggtgaacgatttcccatctctctagcccctttaacgtttgttgccgcag

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G090738_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaa--------tctatcatg--ctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatca-aattgaataatctgtga---ttgtttacag-----
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CTCTGTCGAGCCAGCGGAAGAGAGGAGGCCTTTCCGTGCCCTCTTAGATGTCGGCCTTATTAGGACTACTACTGGAAACCGTGTCTTTGGTGCCCTCAAGgtatattccttctttatcatgaatgattgtatacatatgatacattttccttgtgttttggttgtaggtggcttatcaagaaaacttttttatacgatct

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G39740.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatca--aattgaata----atctgtgattgtttacag-----------------------------
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TTCTGTGGAACCAACTGATTCCAGAAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGATGTTGGACTTATCAGGACTACCACTGGAAACCGTGTGTTTGGTGCACTCAAGgtattgtgttttaatgtggttgtctgtgttcttatctgttgtatagtgtgttcatgatttgaagatgatgctagcaatcctttaataccctgttggtttgcttcatgaaactatag

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT3G25520.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgta---atctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggtt---gatcaaattgaataatctgtgattgtttacag-----------------------------
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TTCCGTTGAGCCAACTGATTCAAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGATGTTGGACTTATCAGGACCACAACAGGAAACCGTGTGTTCGGTGCTCTTAAGgtattaacttgtttctctttttttgttgtgagtgctcttatttgtcattcttcttgagcaaatgcttatactggcaattctttaatatccttttggttcgctgtttgaatctgtag

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv05s0094g00870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TTCCGTGGAACCTGCTGAGAGCAGGAGGCCATTCCGTGCTCTCCTTGATGTTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatcatgctgtaatgttaatcagt-gtgattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacag--------------------
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CTCTGTTGAACCCACAGATAGCAGGAGGCCATTCCGTGCCCTTCTTGATGTTGGGCTTGTGAGAACAACAACTGGCAACCGTGTTTTTGGTGCTCTGAAGgtattatattttaca--agcctcgctcagttgctcactttttttgcgtacagttaaagtccgtctttttattttgcacttgaaataatatgactatacatct

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298180774|gb|HO022213.1|HO022213
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGATGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193687485|gb|FK629200.1|FK629200
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193688010|gb|FK631769.1|FK631769
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193391029|gb|FK353282.1|FK353282
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAGCCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193651617|gb|FK598218.1|FK598218
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208261303|gb|GE058211.1|GE058211
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193582808|gb|FK536104.1|FK536104
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGT
EST: gi|7233784|gb|AW569127.1|AW569127
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGA
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGA
EST: gi|207824520|gb|GD794216.1|GD794216
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208094364|gb|GD897001.1|GD897001
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGAATAAAGAGGTTTG
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGA-TAA-GAGGTTTG
EST: gi|9564071|gb|BE473580.1|BE473580
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAA                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATTTTCCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCT
EST: gi|193481493|gb|FK445548.1|FK445548
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|38192446|gb|CF921652.1|CF921652
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208118907|gb|GD918772.1|GD918772
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193713409|gb|FK651916.1|FK651916
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTAGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208259591|gb|GE058011.1|GE058011
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|10231886|gb|BE800774.1|BE800774
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|192328302|gb|FK020013.1|FK020013
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193686307|gb|FK625994.1|FK625994
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|10232170|gb|BE801058.1|BE801058
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193424498|gb|FK388933.1|FK388933
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|298175318|gb|HO015977.1|HO015977
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208284711|gb|GE084209.1|GE084209
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|192333617|gb|FK025434.1|FK025434
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTC
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTC
EST: gi|151409715|gb|EV279523.1|EV279523
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193637490|gb|FK584919.1|FK584919
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|10846870|gb|BF069669.1|BF069669
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAA                         GGAGCTCTGGAT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGAT
EST: gi|208106786|gb|GD902333.1|GD902333
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|192333816|gb|FK025077.1|FK025077
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