Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatgtagcctttcagttatcgtgtaagctgttccttttttgtttattggtttttttctaaatcttttgtgtgaattatttactattgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G00430.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0008g02580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgtta----------tgtagcctttcagttatcgtgtaagctgttcctttt------ttgtttattggtttttttctaaatcttttg--tgtgaattatttactattgcag---------
||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| | |           | |||  | | ||     |  | |  ||||   ||       |    | |   |||| |   || | || ||  | ||| | || |  || | |           
GTGAAGGAGATCTTTTAACTGGTGGAGACTTGTATGCTgtaagctgataacattattttagtttgttagaataggattgaagtgttgacttgggaaagtatggtgtcacttttctctcaatttttctgattttgactcatattttaatcctatacatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120532286|gb|EH260419.1|EH260419
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
EST: gi|209713481|gb|BW679271.1|BW679271
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
EST: gi|209722553|gb|BW682651.1|BW682651
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
EST: gi|213616520|gb|DB965718.1|DB965718
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGA
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGA
EST: gi|120530321|gb|EH258454.1|EH258454
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
EST: gi|192305155|gb|FG993935.1|FG993935
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
EST: gi|209728747|gb|BW655427.1|BW655427
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
EST: gi|213618474|gb|DB967711.1|DB967711
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCA
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCA
EST: gi|213616575|gb|DB965745.1|DB965745
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTCCTCCTGAT
EST: gi|213607085|gb|DB957061.1|DB957061
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTC
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTC
EST: gi|209700893|gb|BW683110.1|BW683110
EST:     GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCT                         ACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTC
genomic: GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatg ... actattgcagACTGTTTTTGAGAACAGTCTAATGCAACACCATATTGCACTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGAAGGTGACCTTTTAACTGGTGGAGATTTATATGCTgtatgttatgtagcctttcagttatcgtgtaagctgttccttttttgtttattggtttttttctaaatcttttgtgtgaattatttactattgcag

- - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - -  GGAGAT