Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggtctgcattgttcttgtacatatcattgcttcatgcacatatgcaccatgataatggaggactactaaaatgacgtactgcccagtggacat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G42840.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G42840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g10840.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggtctgcattgttcttgtacatatc---attgcttcatgcacatatgcaccatgataatggaggactactaaaatgacgtactgccca-gtggacat
||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| | | ||   ||       || ||    | | || ||| |       |  ||  || |||  | ||| | | |      || ||  | ||||    
GTTGATCCTCTCACTCATCAAGTCAAGCTATGTGACTTTGGAAGTGCAAAGGTTCTGgtatgttgatttccacccttaagagtaatttctcagtggtttgatgtatgctgaaattattctagtggtaggctagtcataatgttgacagcataagtgg----

upper sequence: GLYMA06G42840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G045330_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggtctgcattgttcttgtacatatcattgcttcatgcacatatgcaccatgataatggaggactactaa-aatgacgtactgcccagtggacat
||| ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| | | | ||  ||  | |  | |  |  | || |     | |   |  |  |     |  | |  ||  || |   || |     |  |  | 
GTTGATCCTCTCACCCACCAGGTCAAGCTCTGTGACTTTGGTAGTGCAAAAGTTCTGgtatgttgtttttctttcctcgaggatctgtagtcacatccttttgttttatgctcttttttaaaaatattgttatcaaaggtttaatcatgtgcagtta-

upper sequence: GLYMA06G42840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G045330_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
-------------------------------------------GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggtctgcattgttcttgtacatatcattgcttcatgcacatatgcaccatgataatggaggactactaa-aatgacgtactgcccagtggacat
                                           ||| ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| | | | ||  ||  | |  | |  |  | || |     | |   |  |  |     |  | |  ||  || |   || |     |  |  | 
AATTAGTTCTGAATTGGTCTCGTCGTCTCTCTTTGATGTACAGGTTGATCCTCTCACCCACCAGGTCAAGCTCTGTGACTTTGGTAGTGCAAAAGTTCTGgtatgttgtttttctttcctcgaggatctgtagtcacatccttttgttttatgctcttttttaaaaatattgttatcaaaggtttaatcatgtgcagtta-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193500521|gb|FK464052.1|FK464052
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193656739|gb|FK603771.1|FK603771
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193328173|gb|FK293410.1|FK293410
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCGAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|17023095|gb|BM094129.1|BM094129
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|11689096|gb|BF596772.1|BF596772
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCC
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGG-C
EST: gi|193403386|gb|FK367708.1|FK367708
EST:     TTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCGAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: -TCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|6502169|gb|AW203542.1|AW203542
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|9819612|gb|BE555125.1|BE555125
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193432041|gb|FK393839.1|FK393839
EST:     AAGCTATGTGTTATTTTTGGGTAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: AAGCTATGTG--A-TTTTGGG-AGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|208124192|gb|GD922000.1|GD922000
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|207763538|gb|GD736653.1|GD736653
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGT
EST: gi|42723166|gb|CK769065.1|CK769065
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT