Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaacttcctatttaactatcacctataactcttctgccaaattttgttgacaatttccttgttgtacatctag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G17960.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT1G13060.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
CTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaacttcctatttaac-----tatcacctataactcttctgccaaattttgttgacaatttcct-tgttgtacatctag--------------------------------------
| || ||||| ||||| || |  ||||||||| | || || ||    || || || || || |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||   | |||| |   |||      ||| | | |  | |     | ||   |      |||  ||   || |||   |  ||                                      
CCGGACTATACTATGTCGACAACGAAGGAGGACGGCTCAAGGGAGACAGGTTTTCAGTCGGTTCTGGTTCACCATATGCTTACGGTGTGCTGGACAGCGGgtaagtc--atttcccaaacaacatcttcatcgcttttgtcccaatctcaaaggctaaaaaccaaaatctaatgatgttagttaagcaaccgtttcatatttatgattttacttgcatcatcag

upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
CTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagt-taaacttcct-atttaactatcacc-tataactcttct-gccaaattttgttgacaattt---ccttgttgtacatctag------------------------------------
||||  | || |||||||| |  ||||||||| | ||||| ||    ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||  || |  | |||   || | |  ||  || ||   ||||| | | ||||          ||  |    |||| | |||   ||                                     
CTGGATTGTACTATGTTGACAACGAAGGAGGACGGCTTAAGGGAGACAGATTCTCTGTCGGTTCAGGTTCACCATACGCTTATGGTGTTCTGGACAGCGGgtacgtatctatttcaagatatcatcattgccctacttctcttttagtcaaagcccaaaccaaaactagatcttgctttactattataaccactcaatcttatggttctttttttgttaacag

upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
CTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgt---tagttaaacttcctatttaa--ctatcacctataactcttc-------tgccaaattttgttgacaatttccttgttgtacatctag--------
|||| || |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |  ||||   |  ||    | ||  ||||   || | | || |  |||||        ||    || |   ||   ||||| ||     | |||||         
CTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctttttttgcccctttattcctgttatctgttgctctttgcatgtttgagctatatcagtggatatttcatttccaaatatctaatggaaatt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|57574193|gb|CX547168.1|CX547168
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192326892|gb|FK015134.1|FK015134
EST:     TCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAG
genomic: TCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGG-ACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAG
EST: gi|6847935|gb|AW350225.1|AW350225
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|151396982|gb|EV266855.1|EV266855
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|6724865|gb|AW309264.1|AW309264
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|214005036|gb|DB985660.1|DB985660
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|209696469|gb|BW664018.1|BW664018
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|57574361|gb|CX547336.1|CX547336
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|209722635|gb|BW682711.1|BW682711
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|31306894|gb|CD392097.1|CD392097
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|31464281|gb|CD406309.1|CD406309
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCCTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|17519310|gb|BM188352.1|BM188352
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254332573|gb|GR846511.1|GR846511
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|193672506|gb|FK618092.1|FK618092
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGTACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAG
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATG-ACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAG
EST: gi|120533057|gb|EH261190.1|EH261190
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|151402945|gb|EV272758.1|EV272758
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|18721231|gb|BM523332.1|BM523332
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|208181316|gb|GD978041.1|GD978041
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192317519|gb|FK008971.1|FK008971
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254332574|gb|GR846512.1|GR846512
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGG                         GTACCGATATGACCCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAG
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgttagttaaa ... gtacatctagGTACCGATATGA-CCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAG