Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGGCATTATTGATCCTGATTGTAGGTTGATTGGACTCCACTTGTATGATGGTTTGTTTAAAgtatgtaacttcttctcattcactatcctgtaaaaatattagaagattaaaatgacaatatgtttctgttcagtgtcatgttaaagtatttgaatgattcactgttcattgatcttccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30530.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv10s0003g04360.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
ATTGGCATTATTGATCCTGATTGTAGGTTGATTGGACTCCACTTGTATGATGGTTTGTTTAAAgtatgta-------------------acttct---tctcattcactatcctgtaaaaatat---tagaagattaaa-atgacaatatgtttctgttcagtgtcatgttaaagtatttgaatgattcactgttca---ttgatcttccag
||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||                   |||| |   |   || | |  |  |||     |||   |    | ||| | ||  ||||| |||| |        | ||| |  || |||||||  |||  |    ||   ||| |  |  ||
ATTGGAATTATTGATCCTGATTGCAGATTAATTGGACTTCATTTATATGATGGATTATTTAAGgtatgtagtcctgactgctgattataacttttatattctatcctcctttttgtgtttttatgcctgtttgcttagagattccaataagtttttagatttactaatgctttagaatttgaagaattatcatcacaagtttgtttctttag