Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAAAGGATTATGAATATGAAGCTCCAGTCAAGCTTTTGGATAAACTGCTGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAGgtatgctttctctcggtctttctttctgttgtttctcctaaggaccttatgatgtctgattaactttttgacacattaaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G01930.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G01930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv17s0000g07900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TGGAAAGGATTATGAATATGAAGCTCCAGTCAAGCTTTTGGATAAACTGCTGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAGgtatgctttctctcggtctttctttctgttgtttctcctaaggaccttatg---atgtctgattaactttttgacacattaaag--------------------
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  | ||||| ||||| ||||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||   || ||||||  ||| ||| |||  | |  | ||  |  ||||||     |        |   |   ||   |  | | |                    
TGGAAAGGATTATGAATATGAAGCTCCAGTCAAGCTTTTAGACAAACTCTTACATTCAATGCCCCAATCAGAAGATGAGCAACTTGTTGTGGTTTCTCAGgt---ctctctctctctctctctctct-ctctccccccccaccaccttacacacacacacacatgtgtacatgtagctctgatgtcatggtgaatgtattgtgc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192310883|gb|FG998887.1|FG998887
EST:     TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAG                         GTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
genomic: TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAGgtatgctttc ... cacattaaagGTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
EST: gi|23728418|gb|BU762261.1|BU762261
EST:     TTGTTGTGGTCTCTCAG                         GTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
genomic: TTGTTGTGGTCTCTCAGgtatgctttc ... cacattaaagGTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
EST: gi|26057704|gb|CA800618.1|CA800618
EST:     TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAG                         GTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
genomic: TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAGgtatgctttc ... cacattaaagGTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
EST: gi|14991232|gb|BI316905.1|BI316905
EST:     TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAG                         GTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
genomic: TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAGgtatgctttc ... cacattaaagGTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
EST: gi|51345186|gb|CO985919.1|CO985919
EST:     TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAG                         GTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
genomic: TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAGgtatgctttc ... cacattaaagGTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
EST: gi|16996432|gb|BM085804.1|BM085804
EST:     TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAG                         GTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG
genomic: TGCATTCGATGCCACAATCACCGGATGAACAACTTGTTGTGGTCTCTCAGgtatgctttc ... cacattaaagGTGCTGGTGGCTGATATCAACATTGGATATGAAGATATTGTTAACACCCAG