1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TGAAACAGAGGGGATGATCTGGGTTTGGCCTGGCAATGACCCCCCGACGGCTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAGgtatgttatgaaaaaaattgtcccataagatatagcaattgaatattcaaggattactattacgattcaaggaaaaagctgtgttttttaattggtgtctctttatatgccacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G42840.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAG ATTGTCATGGAGCTTCCCATCGAACACGGGTTACTTGTGGACAACCTTGTGEST: gi|23728713|gb|BU762418.1|BU762418
genomic: CTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAGgtatgttatg ... tatgccacagATTGTCATGGAGCTTCCCATCGAACACGGGTTACTTTTGGACAACCTTTTG
EST: CTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAG ATTGTCATGGAGCTTCCCATCGAACACGGGTTACTTTTGTACAACCTTTTGEST: gi|15199646|gb|BI423937.1|BI423937
genomic: CTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAGgtatgttatg ... tatgccacagATTGTCATGGAGCTTCCCATCGAACACGGGTTACTTTTGGACAACCTTTTG
EST: CTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAG ATTGTCATGGAGCTTCCCATCGAACACGGGTTACTTTTGGACAACCTTTTGEST: gi|17022892|gb|BM093926.1|BM093926
genomic: CTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAGgtatgttatg ... tatgccacagATTGTCATGGAGCTTCCCATCGAACACGGGTTACTTTTGGACAACCTTTTG
EST: CTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAG ATTGTCATGGAGCTTCCCATCGAACACGGGTTACTTTTGGACAACCTTTTG
genomic: CTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAGgtatgttatg ... tatgccacagATTGTCATGGAGCTTCCCATCGAACACGGGTTACTTTTGGACAACCTTTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAAACAGAGGGGATGATCTGGGTTTGGCCTGGCAATGACCCCCCGACGGCTACCCTTCCATCTTTGCTACCTCCATCTGGGTTTGAAGTGCATGCTGAGgtatgttatgaaaaaaattgtcccataagatatagcaattgaatattcaaggattactattacgattcaaggaaaaagctgtgttttttaattggtgtctctttatatgccacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG