Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaactttctatttaactatcacctataactcttctgccaaatttcgttgacaaatttccttgttatacatactag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37030.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G37030.3 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
CTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaacttt-----ctatttaactatcacctataactcttc---tgcc-aaatttcgttgacaaatttccttgttatacata-ctag--------
|||| || |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||  ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||  ||     |||     || | |  || | | || |  |||||    ||    |  |   |      || |     ||  | ||| |||         
CTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctttttttgcccctttattcctgttatctgttgctctttgcatgtttgagctatatcagtggatatttcatttccaaatatctaatggaaatt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254321270|gb|GR824587.1|GR824587
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|58021915|gb|CX708656.1|CX708656
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|9204011|gb|BE330235.1|BE330235
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|8827022|gb|BE210752.1|BE210752
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|6667609|gb|AW279060.1|AW279060
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254338527|gb|GR849945.1|GR849945
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254338528|gb|GR849946.1|GR849946
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|214009174|gb|DB989890.1|DB989890
EST:     CATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: CATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254321271|gb|GR824588.1|GR824588
EST:     ATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: ATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192322800|gb|FK014491.1|FK014491
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATGGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254322198|gb|GR837612.1|GR837612
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254322199|gb|GR837613.1|GR837613
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192319717|gb|FK013759.1|FK013759
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGTTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|10255040|gb|BE822806.1|BE822806
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|151410487|gb|EV280302.1|EV280302
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192319718|gb|FK013760.1|FK013760
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGTTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|17998750|gb|BI119560.1|BI119560
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192333183|gb|FK026512.1|FK026512
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|58014664|gb|CX701406.1|CX701406
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC