Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACATTGCAAGGAGCATTGCTCAGCTGTTCGTACACTGTACTTGACTATGCACAAACCGGATTGATTGCAGCAGTGTTCTTTTTTAAAgtgagatggctaatcctttaaatacatatatgtttttcctttgttcactgagtactaacaatatcctgaaagatgtactaatgatgttgtagcatggtag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G41050.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G41050.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv14s0036g01130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
ACATTGCAAGGAGCATTGCTCAGCTGTTCGTACACTGTACTTGACTATGCACAAACCGGATTGATTGCAGCAGTGTTCTTTTTTAAAgtgag--atggctaatcctttaaatacatatatgtttt-tcctttgt-tcactgagtactaacaat-atcctgaaagatgtactaatgatgttgtagcatggtag
 |||||||||||||| ||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||| |||||||||||  | | || |     |||  |  |  ||  ||| ||  |||| | |   |  |  ||  || ||  || |  ||||||  |      | |   ||     
GCATTGCAAGGAGCACTGCTCAGCTGCACCTATACTATGCTTGACTATGCACAAACTGGGCTAATTGCAGCAGTATTCTTCTTTAAAgtgagtgaggccttacatactaatgatgttaatactttatcaattgtcttaaaaaaaaaaaatgatcatgttgtattatgtacccaaacctgtatgtaat-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11687819|gb|BF595495.1|BF595495
EST:     TACTTGACTATGCACAAACCGGATTGATTGCAGCAGTGTTCTTTTTTAAA                         ATGATGGAATGGTGGTACCAGTCTGCCGAGGAGAGAATGTCAGCTCCTACA
genomic: TACTTGACTATGCACAAACCGGATTGATTGCAGCAGTGTTCTTTTTTAAAgtgagatggc ... aattatgtagATGATGGAATGGTGGTACCAGTCTGCCGAGGAGAGAATGTCAGCTCCTACA
EST: gi|208337537|gb|GE136403.1|GE136403
EST:     TACTTGACTATGCACAAACCGGATTGATTGCAGCAGTG-TCTTTTTTAAA                         ATGATGGAATGGTGGTACCAGTCTGCCGAGGAGAGAATGTCAGCTCCTACA
genomic: TACTTGACTATGCACAAACCGGATTGATTGCAGCAGTGTTCTTTTTTAAAgtgagatggc ... aattatgtagATGATGGAATGGTGGTACCAGTCTGCCGAGGAGAGAATGTCAGCTCCTACA