Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGGTCTTGGGGTGATTGCATGCATTGGAGAATTGTTAGAAGAAAGGGAGGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaagctatatttctaatataatccatttaaagtccattttctttggaaaaaacaaactggagagggtttgctgattgcttgcataacatccatcgtgtctgtatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G34300.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G34300.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv03s0038g01780.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
CAAGGTCTTGGGGTGATTGCATGCATTGGAGAATTGTTAGAAGAAAGGGAGGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaagctatatttctaatataatccatttaaagtccattttctttggaaaaaacaaactgga-gagggtttgctgattgcttgcataacatccatcgtgtctg----tatgcag
|| ||||||   || || || || ||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| | || |    |     | |  | |    |||  || || |  |   ||||       |       | |||   ||| ||| | |||   |||||||  || |||       |  ||||
CAGGGTCTTAAAGTAATAGCTTGTATTGGAGAACTGTTACAAGAAAGGGAAGCAGGAAAAACTTTTGATGTCTGTTTTCAGCAAATGAAGGCTTTTGCAGgcaagttctc-ttgctgatgttctctttctcatggaatgtactgtcgttttgtggtcctcttgtgaaaagagaacttgttgact-cttttgtaacatcgctcttgttcaatcatgcgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16281659|gb|BI944602.1|BI944602
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|254329896|gb|GR839449.1|GR839449
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31467995|gb|CD410023.1|CD410023
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|298193423|gb|HO033857.1|HO033857
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31308504|gb|CD393707.1|CD393707
EST:     GTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|151395984|gb|EV265861.1|EV265861
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|16284155|gb|BI945935.1|BI945935
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|207681373|gb|GD664136.1|GD664136
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|209724178|gb|BW659712.1|BW659712
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31455871|gb|CD397899.1|CD397899
EST:     GTCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCCATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31308297|gb|CD393500.1|CD393500
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|16279304|gb|BI943365.1|BI943365
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31465283|gb|CD407311.1|CD407311
EST:     GGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|208285416|gb|GE082996.1|GE082996
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|16284094|gb|BI945902.1|BI945902
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|254339332|gb|GR848049.1|GR848049
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|9204176|gb|BE330400.1|BE330400
EST:     GGCTGGGAGAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCCTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAAC
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAAC
EST: gi|31467830|gb|CD409858.1|CD409858
EST:     GGCTGGAGAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|120530487|gb|EH258620.1|EH258620
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|10231702|gb|BE800590.1|BE800590
EST:     TTTGAATGTTTGTTTTCAGCAAATGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACTTGTATGGG
genomic: TTTG-ATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31306225|gb|CD391428.1|CD391428
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|209715618|gb|BW657385.1|BW657385
EST:     GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31468627|gb|CD410655.1|CD410655
EST:     GGCTGG-AAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: GGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaa ... ctgtatgcagACGCAGTTGCTAGTTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAGGTCTTGGGGTGATTGCATGCATTGGAGAATTGTTAGAAGAAAGGGAGGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtaggtgcaagctatatttctaatataatccatttaaagtccattttctttggaaaaaacaaactggagagggtttgctgattgcttgcataacatccatcgtgtctgtatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG