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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACCTAAAGGAATTGGGCGAGGTATTGATGAGGGTGGAGCTAAAGGACAAGGAGGACGAGGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcattccttgcttcatttcaaaatgcaagtattgcatgtataccgattattcttttgttggtttctatccctcaaattcatcatgaaagatgttc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G17430.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208065470|gb|GD861265.1|GD861265
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EST: gi|208102601|gb|GD899722.1|GD899722
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EST: gi|208058967|gb|GD859867.1|GD859867
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|193436683|gb|FK400870.1|FK400870
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|208250851|gb|GE043814.1|GE043814
EST:     GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACT
genomic: GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... tctgtggtagGTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACT
EST: gi|193434057|gb|FK400167.1|FK400167
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|193614586|gb|FK565130.1|FK565130
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EST: gi|207729727|gb|GD707791.1|GD707791
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EST: gi|208278360|gb|GE077089.1|GE077089
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|208085620|gb|GD881552.1|GD881552
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EST: gi|208056142|gb|GD852421.1|GD852421
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EST: gi|193716683|gb|FK654241.1|FK654241
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EST: gi|163928816|gb|EH038616.1|EH038616
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EST: gi|208243288|gb|GE040312.1|GE040312
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EST: gi|193465762|gb|FK433367.1|FK433367
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EST: gi|193691819|gb|FK628970.1|FK628970
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EST: gi|207809561|gb|GD781397.1|GD781397
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EST: gi|208095132|gb|GD893290.1|GD893290
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|208214257|gb|GE013274.1|GE013274
EST:     AGGACGAGGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|207819395|gb|GD791191.1|GD791191
EST:     GGGTGGT-CAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|208241711|gb|GE041017.1|GE041017
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|193509972|gb|FK469354.1|FK469354
EST:     CGAGGTCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|193387926|gb|FK355177.1|FK355177
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EST: gi|208081176|gb|GD881578.1|GD881578
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EST: gi|208211284|gb|GE011295.1|GE011295
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EST: gi|207784007|gb|GD755531.1|GD755531
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EST: gi|208222406|gb|GE020844.1|GE020844
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EST: gi|208217854|gb|GE016502.1|GE016502
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EST: gi|193665604|gb|FK609225.1|FK609225
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EST: gi|208318496|gb|GE110725.1|GE110725
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genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGG-TGG-AAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... tctgtggtagGTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
EST: gi|193402523|gb|FK365585.1|FK365585
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EST: gi|193657925|gb|FK602498.1|FK602498
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EST: gi|208067680|gb|GD864872.1|GD864872
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EST: gi|193419141|gb|FK384849.1|FK384849
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAAACCCAAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|193693821|gb|FK628167.1|FK628167
EST:     AGGAGGACGAGGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|193329164|gb|FK294372.1|FK294372
EST:     GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|193324954|gb|FK291344.1|FK291344
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genomic: GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... tctgtggtagGTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
EST: gi|207751552|gb|GD722537.1|GD722537
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|207783910|gb|GD756890.1|GD756890
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EST: gi|193599551|gb|FK550254.1|FK550254
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
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EST: gi|207704968|gb|GD684691.1|GD684691
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... tctgtggtagGTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATG
EST: gi|207726533|gb|GD703381.1|GD703381
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAACCTAAAGGAATTGGGCGAGGTATTGATGAGGGTGGAGCTAAAGGACAAGGAGGACGAGGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcattccttgcttcatttcaaaatgcaagtattgcatgtataccgattattcttttgttggtttctatccctcaaattcatcatgaaagatgttc

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