Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAATGATCCCTTGTGGGTCATGAATGTGGTCTCATCTTATGGTCCCAACACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttgaaaatttaaaattatgaagcataaggttattatttatgaatgtatttgtgttaatatcatatggtgtggtatttattttgaattttattatttggtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G35220.5
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G35220.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv02s0033g01120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TCAATGATCCCTTGTGGGTCATGAATGTGGTCTCATCTTATGGTCCCAACACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttgaaaatttaaaattatgaagcataaggttattatttatgaatgtatttgtgttaatatcatatggtgtggtatttattttgaattttattatttggtag
| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || | | | |||||||| |||||||| | ||| || || || ||||| ||||  ||||| |||||||||| |||   |   | ||   |  |  | | | ||   | || ||  |       |  |     |   |||   |||| |||    |||  |  | | ||||
TTAATGATCCGTTGTGGGTCATGAATGTGGTCTCTTCCTACGCTGCTAACACACTTCCTGTGGTCTTTGACCGGGGTCTGATTGGGACCTATCATGACTGgtaattttcaaagcatttgaatacacatga--aagcttttgggtctgcattaaggcacacttcttgtgaactttgtttcatttgttt---gtttcctgttcttgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193479138|gb|FK444609.1|FK444609
EST:     ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG                         GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: gi|6566331|gb|AW234004.1|AW234004
EST:     ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG                         GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: gi|51342372|gb|CO983451.1|CO983451
EST:     ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG                         GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: gi|23733789|gb|BU765106.1|BU765106
EST:     ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG                         GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCCCCTTCATCTTGA
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: gi|209727324|gb|BW663333.1|BW663333
EST:     CCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG                         GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
genomic: CCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: gi|19347477|gb|BM892357.1|BM892357
EST:     ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG                         GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGA
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGA
EST: gi|10843315|gb|BF067170.1|BF067170
EST:     ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG                         GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA