Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTAGTGTATCCAATCCAGATACAAGGGTTGATGATGCAGAGTTTGAGGAGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggttttattaatatatttactgatatgatgcatcttcctaatcctttgcttagtaaaattccaatctcttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G29420.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G29420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv06s0004g06870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GCTTAGTGTATCCAATCCAGATACAAGGGTTGATGATGCAGAGTTTGAGGAGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaa-tttggttttattaatat-atttactgatatgatgcatcttcctaatcctttgcttagtaaaattccaatctcttgcag-------------------------------
  | |||||  ||| |   || ||  | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||    ||  |||| ||||| || |||| |||||   |      || || |  |       |     ||  ||||    ||  | || ||  |     |  ||| |                                
ATTGAGTGTGCCCAGTGGTGAAACCCGAGTTGATGATGCAGAATTTGAAGAGAATGAAGTTTATGCAGTTGATATAGTCATCAGCTCTGGTGATGGAAAAgtaagtttggacatgaatgcatgatgttttagcccagtatgattttgtaattgactg--tcgttaatcttatggccattgtataatccgtggaaaaaaaaaaaaactattgcag

upper sequence: GLYMA01G29420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv08s0217g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GCTTAGTGTATCCAATCCAGATACAAGGGTTGATGATGCAGAGTTTGAGGAGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatt-tggtttta---ttaatatatttactgatatgatgcatctt-cctaatcctttgcttagtaaaattccaatctc---ttgcag
 || |||||  ||| |||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  |||| || || ||||| ||||||||| ||| | |    ||||   |  || |  | | ||  | |    || |   ||||       || |||     ||   ||||||
ACTGAGTGTTCCCAGTCCAGAGACCAGAGTTGAGGATGCAGAGTTTGAGGAGAATGAAGTTTATGCAGTAGATATAGTCACAAGCACAGGTGATGGGAAGgtaattatgggtctgattttaacccaaatattattcttattgaccacatcttactttttgtgctcataatttctggaatcaaattgcag

upper sequence: GLYMA01G29420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: PP1S119_137V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
GCTTAGTGTATCCAATCCAGATACAAGGGTTGATGATGCAGAGTTTGAGGAGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgt-aatttggttttattaatatatttact---gatatgatgcatcttcctaatcctttgctta-gtaaaattcc--aatctcttgcag------------
  | ||||     ||| | || ||| | || |||||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| || || ||||| || ||   | | ||  | | | ||||   | |   |    |  |  ||      || ||| ||| |||  |  | |  | || |             
TTTGAGTGCTGGTAATGCGGAGACACGCGTAGATGATGCTGAATTTGAGGAAAACGAAGTTTACGCAATTGATATTGTAACAAGCACTGGTGAAGGAAAGgtgaaattttctattttgttctgtatactctgggtgcaagagtttgttgtacattgctgattacgtagaatgtcttagtgacctgaatcgaggtttttta

upper sequence: GLYMA01G29420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: PP1S80_199V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
GCTTAGTGTATCCAATCCAGATACAAGGGTTGATGATGCAGAGTTTGAGGAGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggttttattaatatatttactgatatgatgcatcttcctaatcctttgcttagtaaaattccaatctcttgcag----------------------
 || || || ||||| ||||| ||  | || |||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||  | || ||||| ||||| ||||||||||  | | |  | | | || |  ||||| |  | ||| ||  || |  |   ||| |  |||   | || |||                         
TCTGAGCGTGTCCAACCCAGAGACGCGTGTAGATGATGCTGAGTTTGAGGAAAACGAAGTGTACGCAATAGATATCGTGACCAGCACTGGTGATGGAAAGgtaattt--tctaaacattcttttcagcgatatca-acttctaccatatacggttactaggagcattttcaactgttgtttgaacagaatgaggttttgcttc

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208282869|gb|GE081135.1|GE081135
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTTTTGGATGAAAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|208225805|gb|GE024474.1|GE024474
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193357456|gb|FK319252.1|FK319252
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTTTTGGATGA
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGA
EST: gi|207699070|gb|GD679334.1|GD679334
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGACGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193401155|gb|FK366794.1|FK366794
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193542629|gb|FK499722.1|FK499722
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193329194|gb|FK296488.1|FK296488
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|151404678|gb|EV274492.1|EV274492
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTGTTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193448278|gb|FK415887.1|FK415887
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTTTTGGATGA
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGA
EST: gi|208030975|gb|GD829363.1|GD829363
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGACGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|208076436|gb|GD874343.1|GD874343
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193349601|gb|FK316157.1|FK316157
EST:     AGAATGAAG-TTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193308659|gb|FK277034.1|FK277034
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193690328|gb|FK629235.1|FK629235
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTAATTTAATAAAGAGAGCTGT
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTA-TTTA-TAA-GAGAGCTGT
EST: gi|193316895|gb|FK281113.1|FK281113
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|208170222|gb|GD966573.1|GD966573
EST:     CAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: CAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|207811252|gb|GD784713.1|GD784713
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193332574|gb|FK301202.1|FK301202
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTTTTGGATGA
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGA
EST: gi|193662453|gb|FK603171.1|FK603171
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGT
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGT
EST: gi|193318321|gb|FK286277.1|FK286277
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAAGCAGACAACTATTTATAAGAGAGCTGTTGAC
EST: gi|193628971|gb|FK573747.1|FK573747
EST:     AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAG                         CCTAAGCTGTTGGATGAGAA
genomic: AGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggt ... tctcttgcagCCTAAGCTGTTGGATGAGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTTAGTGTATCCAATCCAGATACAAGGGTTGATGATGCAGAGTTTGAGGAGAATGAAGTTTATGCAATTGATATCGTAGCAAGTACTGGAGATGGCAAGgtaatttggttttattaatatatttactgatatgatgcatcttcctaatcctttgcttagtaaaattccaatctcttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG