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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGCTTCGTGGTGCAGCAATAAAGGGTCATCTTTCAATGGTTCCTATCGATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAGgtataaatagaaacaaattaatttattttaaggtactagtagacttatttatactgtatttattctcacttttgtattttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35140.1
intron # 50
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 50
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 47
CAAGCTTCGTGGTGCAGCAATAAAGGGTCATCTTTCAATGGTTCCTATCGATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAGgtataaatagaaacaaattaatttatt-ttaaggtactagtagacttatttatactgtattta-ttctcacttttgtattttag
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AAAGCTTCGTGGTACAGCAATCAAAGGTCACCTTTCAATGGTTCCTATAGATGCTGAACCTCAGCCAATCATTTTGGCATACATTGATCTTAATCTTCAGgtaaaaa---aaatacatccttttgttgttccacaacaaactgtcatggacatcctttttttaattgatactattgtgttctag

upper sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 50
lower sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 48
CAAGCTTCGTGGTGCAGCAATAAAGGGTCATCTTTCAATGGTTCCTATCGATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAGgtataaatag-aaacaaattaatttatttta--aggtactagtagactt---atttatactgtatttattctcacttttgtattttag------------------------------------------------------
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GAAGCTTCGGGGAACGGCAATAAAGGGTCACCTTTCAATGGTTCCTATAGATGCTGAACCTCAGCCAATAATTCTAGCATACATTGATCTCAATCTCCAGgtagaacttgcaaaaccactgttctgttgttgtagacccttgcagccgctagattgttgacccttgcaaaaccaccattagcaacaagattcttcgcaaagccttttttttcttggtaaccaacattgttcggttgttgtag

upper sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 50
lower sequence: GRMZM2G009849_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 30
CAAGCTTCGTGGTGCAGCAATAAAGGGTCATCTTTCAATGGTTCCTATCGATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAGgtataa---atagaaacaaattaatttattttaaggtactagtagactt--atttatactgtatttattctcacttttgtattttag---
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GAAGCTTCGGGGAACGGCAATAAAGGGTCACCTTTCGATGGTTCCTATAGATGCTGAACCTCAGCCAATAATTCTAGCATACATTGATCTTAATCTCCAGgtagaacatgcaaaaccactgttattaacaacattcttcctgcagcctttctttttttctttggtaaccaacattgttcggtcgttgtag