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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTTTTCCTAAATGCTATTGCCAACCAACTGCGTTATCCTAATACTAATACACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCTGAATCAAACCAGgtacatctaaacttgtggcatgtttttttatttagttcaatctaacaaattctagtcaaacctgttttgtgcttctgatcttgtgtttccaattatgttttatatggtctggatagcatatatttaattggatattcttgttttgacatagcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G14770.1
intron # 50
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G14770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 50
lower sequence: Vv15s0021g02610.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
CCTTTTCCTAAATGCTATTGCCAACCAACTGCGTTATCCTAATACTAATACACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCTGAATCAAACCAGgta--catctaaac-ttgtggcatgtt-tttttatttagtt-caatctaacaaattctagtcaaacc----tgttttgtgcttctgatcttgtgtttccaattatgttttatatggtctggatagcatatatttaattggatattcttgttttgacatagcag
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CCTCTTTCTGAATGCGGTTGCTAACCAACTACGTTATCCAAATACCCATACACACTACTTCTCCTTCATTCTTCTTTACTTGTTTGCGGAATCAAACCAGgtgagcttctttacattttaatgtattattttcatgcttttgcatttttatgattcttgaccgaatagtagtttttagttcttttggcccactgttatga---------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9258061|gb|BE346208.1|BE346208
EST:     CACACTACTTNTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCTGAATCAAACCAN                         GAAGT-ATCCAAGA-CAAATTACTAGAGTCTTGGTAGAACGCCTAAT-GTT
genomic: CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCTGAATCAAACCAGgtacatctaa ... gacatagcagGAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
EST: gi|14999898|gb|BI320712.1|BI320712
EST:     CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCTGAATCAAACCAG                         GAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
genomic: CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCTGAATCAAACCAGgtacatctaa ... gacatagcagGAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
EST: gi|15812625|gb|BI784900.1|BI784900
EST:     CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCTGAATCAAACCAG                         GAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
genomic: CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCTGAATCAAACCAGgtacatctaa ... gacatagcagGAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT