Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTTTTCCTAAATGCTATTGCCAACCAACTGCGTTATCCTAATACTAATACACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAGgtacatttaaacttgtggcattttttttttttatgtttagttcaatcaaacaaattcaagtcaaacaaattcagtcaaacctgttttgtgcttctaataaacttgtgtttctaattatgttttatatggtctggatagcatatatttaactggatattcttgttttgacatagcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G27270.1
intron # 50
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G27270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 50
lower sequence: Vv15s0021g02610.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
CCTTTTCCTAAATGCTATTGCCAACCAACTGCGTTATCCTAATACTAATACACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAGgtacatttaaacttgtggcattttttt-tttttatgtttagttcaatcaaacaaattcaagtcaaacaaattcagtcaaacctgttttgtgcttctaataaacttgtgtttctaattatgttttatatggtctggatagcatatatttaactggatattcttgttttgacatagcag
||| || || |||||  |||| |||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    ||       |   | | | || |||| ||| ||  | || |   |  | |      | || |   |   |   |  | |||||  |  ||  ||                                                                             
CCTCTTTCTGAATGCGGTTGCTAACCAACTACGTTATCCAAATACCCATACACACTACTTCTCCTTCATTCTTCTTTACTTGTTTGCGGAATCAAACCAGgtgagcttctttacattttaatgtattattttcatgcttt-tgcatttttatgattcttgaccgaatag--tagtttttagttcttttggcccactgttatga--------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13480621|gb|BG509964.1|BG509964
EST:     CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAG                         GAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
genomic: CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAGgtacatttaa ... gacatagcagGAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
EST: gi|208340282|gb|GE133240.1|GE133240
EST:     CTACTTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAG                         GAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
genomic: C-AC-TACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAGgtacatttaa ... gacatagcagGAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
EST: gi|10237567|gb|BE806455.1|BE806455
EST:     CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAG                         GAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
genomic: CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAGgtacatttaa ... gacatagcagGAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
EST: gi|17021637|gb|BM092671.1|BM092671
EST:     CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAG                         GAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
genomic: CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAGgtacatttaa ... gacatagcagGAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
EST: gi|22930591|gb|BU547730.1|BU547730
EST:     CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAG                         GAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT
genomic: CACACTACTTTTCCTTCATCCTTCTGTACTTGTTTGCAGAATCAAACCAGgtacatttaa ... gacatagcagGAAGTTATCCAAGAACAAATTACTAGAGTCTTGTTAGAACGCCTAATTGTT