Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTTCAGGAAGGTCCTGTTACTGGAAGGGCAGCTGATGTCATTGCTGCTGCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagttgtaacattttctttttactgtatctgcatttttataatccaagttgatttggattttactacatgttgcctttcttgatttgtatcttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G43390.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G43390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0217g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTCTTCAGGAAGGTCCTGTTACTGGAAGGGCAGCTGATGTCATTGCTGCTGCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagttgtaacattttctttttactgtatctgcatttttataatccaagttgatttggattttactacatgttgcctt-----tcttgatttgtatcttt--
 |||||||| ||| || || |  || || |||||||||||  |||| || || |||||||||||||| || ||  |||||||||| ||||| ||||  ||||||||    |  || || ||    |||   ||| |   ||  |   ||    || |||      |||| ||  ||||   ||     | |||| |||  |   |  
-TCTTCAGGGAGGGCCAGTGATGGGTAGAGCAGCTGATGTTCTTGCAGCAGCAAATACTGCTGCTGAAGTTGCTCTGAGGCTTGTAAGGCCAGGAAGAAAGgtaattccgttgaatatcttgaactta---tatttttgttcctgagatgtgtgtggatcca---tttagtaggtgtttttttgtcaatgttgaattgggttgatgt

upper sequence: GLYMA18G43390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0004g06870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTCTTCAGGAAGGTCCTGTTACTGGAAGGGCAGCTGATGTCATTGCTGCTGCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagttgtaacattttctttttactgtatctgcatttttataatccaagtt--gatttggattttactacatgttgcctttcttgatttgtatcttt
 ||| || || || || || || || || ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| || || ||||| ||| | ||||| |||| |||||||||   | ||    |  |    ||| |  ||||    || | | |    | ||  || |  | | ||      |||     || |  ||| || | || 
-TCTCCAAGATGGGCCAGTGACAGGTAGAGCAGCTGATGTTATTGCAGCAGCAAACACTGCTGCTGAAGTTGCATTGAGACTTCTGAGGCCTGGAAGGAAGgtaattcatagtgctgtgcttaaattatttcatcttttcttgttttacaatatttatgaatcaggtattgtggtttgtcttacttatgaattagtttatt-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193563199|gb|FK519548.1|FK519548
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTNTGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193370843|gb|FK334521.1|FK334521
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGATGTTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGGATG-TAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
EST: gi|193435743|gb|FK402441.1|FK402441
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGTATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGG-ATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
EST: gi|209714809|gb|BW657351.1|BW657351
EST:     GCAAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208240160|gb|GE040520.1|GE040520
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGTATTGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGA
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGG-A-TGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGA
EST: gi|207812007|gb|GD783592.1|GD783592
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208257974|gb|GE054519.1|GE054519
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208079291|gb|GD873169.1|GD873169
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|193350548|gb|FK315410.1|FK315410
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193410049|gb|FK372914.1|FK372914
EST:     GGCCGGG-AAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193410970|gb|FK381129.1|FK381129
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTTAAGTTGTATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGA
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATG-TAAG-TG-ATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGA
EST: gi|193601061|gb|FK552572.1|FK552572
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTACAAAAGGTTGCGGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATT-CAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|208331840|gb|GE131909.1|GE131909
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGANG-AAGNGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193524110|gb|FK481435.1|FK481435
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193705616|gb|FK647976.1|FK647976
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193348070|gb|FK311070.1|FK311070
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATTGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGA-TGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|208333466|gb|GE126231.1|GE126231
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193417835|gb|FK384283.1|FK384283
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193721238|gb|FK659920.1|FK659920
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGTATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGG-ATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|208179216|gb|GD976187.1|GD976187
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGAATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193410534|gb|FK379839.1|FK379839
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|208338742|gb|GE134878.1|GE134878
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|12691475|gb|BG157811.1|BG157811
EST:     CTTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: CTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208162530|gb|GD964745.1|GD964745
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208190117|gb|GD993593.1|GD993593
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193471528|gb|FK436629.1|FK436629
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208254127|gb|GE056049.1|GE056049
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193402881|gb|FK367231.1|FK367231
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAGGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193672515|gb|FK618101.1|FK618101
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208030032|gb|GD827496.1|GD827496
EST:     TTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: TTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193350160|gb|FK317822.1|FK317822
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|192300664|gb|FG991076.1|FG991076
EST:     GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCGATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193718139|gb|FK653409.1|FK653409
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGTATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGG-ATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
EST: gi|208324402|gb|GE125703.1|GE125703
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATTGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGA-TGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|208212850|gb|GE014947.1|GE014947
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193413407|gb|FK377376.1|FK377376
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTTAAGTTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATG-TAAG-TGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
EST: gi|193527384|gb|FK487598.1|FK487598
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208221920|gb|GE020330.1|GE020330
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|193426127|gb|FK390848.1|FK390848
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|207832619|gb|GD804877.1|GD804877
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208049693|gb|GD847070.1|GD847070
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|207771087|gb|GD742422.1|GD742422
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193536774|gb|FK491834.1|FK491834
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATTGTCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGA-TG-CAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
EST: gi|208271378|gb|GE072584.1|GE072584
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|298170622|gb|HO019246.1|HO019246
EST:     GCAAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAGGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|151398254|gb|EV268132.1|EV268132
EST:     GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193492519|gb|FK457449.1|FK457449
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193713435|gb|FK653146.1|FK653146
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAA-TTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|208222162|gb|GE019970.1|GE019970
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCGATTCAAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTC-AAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|193430490|gb|FK397762.1|FK397762
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACCT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGA-CT
EST: gi|208148174|gb|GD949762.1|GD949762
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208194888|gb|GD993085.1|GD993085
EST:     CTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTAGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAAACAAGGATGTAAG
genomic: CTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTT-GTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAA-CAAGGATGTAAG
EST: gi|193665847|gb|FK609694.1|FK609694
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|207756393|gb|GD727544.1|GD727544
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193518082|gb|FK476983.1|FK476983
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGACGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193722591|gb|FK662165.1|FK662165
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193431474|gb|FK396100.1|FK396100
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208062732|gb|GD860837.1|GD860837
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|193683142|gb|FK621370.1|FK621370
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAA-TTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|208127786|gb|GD921766.1|GD921766
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208121366|gb|GD919845.1|GD919845
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTC-AAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|193411554|gb|FK381601.1|FK381601
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAGGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208292581|gb|GE091169.1|GE091169
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTACCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193719291|gb|FK651805.1|FK651805
EST:     GGCCGGGAAAGAAA                         GAAACTAAAGGTATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTAT
genomic: GGCCGGGAAAG-AAggtaatcagt ... tttatccacaG-AAC--AAGG-ATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTAT
EST: gi|207745463|gb|GD714025.1|GD714025
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193573730|gb|FK528390.1|FK528390
EST:     AGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCTTATGACTG
genomic: AGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|207785706|gb|GD755747.1|GD755747
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATTGTTGAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGA-TG-TAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGAC
EST: gi|15664969|gb|BI702340.1|BI702340
EST:     GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193519119|gb|FK475444.1|FK475444
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193346821|gb|FK309333.1|FK309333
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|207763885|gb|GD738806.1|GD738806
EST:     GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208153617|gb|GD954334.1|GD954334
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193720220|gb|FK655364.1|FK655364
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|207763483|gb|GD736192.1|GD736192
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208283637|gb|GE081973.1|GE081973
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTC-AAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193727688|gb|FK663730.1|FK663730
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193607210|gb|FK558677.1|FK558677
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACCG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|14258932|gb|BG881831.1|BG881831
EST:     GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|208064133|gb|GD864275.1|GD864275
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACTAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAAC-AAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACT
EST: gi|193310227|gb|FK274095.1|FK274095
EST:     GGCCGGG-AAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193548870|gb|FK508355.1|FK508355
EST:     GGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGGGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: GGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
EST: gi|193319169|gb|FK286341.1|FK286341
EST:     TTGTCAGGCCGGGAAAGAA                         GAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG
genomic: TTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagt ... tttatccacaGAACAAGGATGTAAGTGATGCAATTCAAAAGGTTGCTGCTGCCTATGACTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTCTTCAGGAAGGTCCTGTTACTGGAAGGGCAGCTGATGTCATTGCTGCTGCTAATACTGCTGCTGAGGTGGCCTTGAGGCTTGTCAGGCCGGGAAAGAAggtaatcagttgtaacattttctttttactgtatctgcatttttataatccaagttgatttggattttactacatgttgcctttcttgatttgtatcttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA