Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTCAACTCTGTGTTGGGGCATCATGCTTTCTGTGCTTCTCTATCTTTCCCTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctcactctcacactttctttatacatcgcacaccagtgtgggttatttgcaacctacaccgaagtaatgccctataattaatggggttaacacatgtccaagtccaatattttgttcacttatttgaacttgaacatgtgta

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G06950.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208242245|gb|GE036049.1|GE036049
EST:     CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTT                         T
genomic: CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgta-
EST: gi|208242245|gb|GE036049.1|GE036049
EST:     CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTT                         T
genomic: CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgta-
EST: gi|208214786|gb|GE009323.1|GE009323
EST:     CTCGCAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTT                         GATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
genomic: CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgtaGATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
EST: gi|193584571|gb|FK543337.1|FK543337
EST:     CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTT                         GATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
genomic: CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgtaGATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
EST: gi|208066092|gb|GD866801.1|GD866801
EST:     ACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTT                         GATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
genomic: ACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgtaGATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
EST: gi|207823344|gb|GD795363.1|GD795363
EST:     ACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTT                         GATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
genomic: ACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgtaGATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
EST: gi|208295253|gb|GE095226.1|GE095226
EST:     CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTT                         GATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
genomic: CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgtaGATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
EST: gi|193407689|gb|FK374507.1|FK374507
EST:     CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTT                         GATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
genomic: CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgtaGATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
EST: gi|208123998|gb|GD920924.1|GD920924
EST:     CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTC                         GATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA
genomic: CTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctca ... aacatgtgtaGATCTTCGTCATGTGGCTGGATTTCGTCACGTACTTGCATCATCATGGTTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTCAACTCTGTGTTGGGGCATCATGCTTTCTGTGCTTCTCTATCTTTCCCTCACAATGGGTCCACTTTTTATGCTCAAGCTCTATGGGGTTCCCTATTTggtaatctcactctcacactttctttatacatcgcacaccagtgtgggttatttgcaacctacaccgaagtaatgccctataattaatggggttaacacatgtccaagtccaatattttgttcacttatttgaacttgaacatgtgta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT