Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATATTGGTTCAGAGTCTTTTCTAAACACTGTATTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatattgaaaatacttggcatttgtttgatatgccgcataaaattgcactgataagttatctgatccggccttaatgtttgtgttttcctttatca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G04360.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151401899|gb|EV271712.1|EV271712
EST:     TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT                         ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: gi|298186757|gb|HO037390.1|HO037390
EST:     TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT                         ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: gi|213600856|gb|DB958434.1|DB958434
EST:     TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT                         ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: gi|7684914|gb|AW755562.1|AW755562
EST:     TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT                         ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAGAGCTNTATGTTCCTCAAGAGCT
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: gi|27423806|gb|CA935326.1|CA935326
EST:     TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT                         ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
EST: gi|298188142|gb|HO032099.1|HO032099
EST:     TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGT                         ATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT
genomic: TTGCAAGTTGTCAGCAAACTTCGGTCAACAAACCCAGGTCTTTCGTATGGtgagaatatt ... ccttgtcagtATGTGATCCAGTGATGGGTGATGAAGGAAAGCTTTATGTTCCTCAAGAGCT