Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAAAAGTCTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatttttactcccttttgcttgcctacttttcttttcattatacaataagaacattagtgatttatgacatgggttcccagtatgctttacatg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G10990.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G10990.3 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G61410.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
GTGAAAAGTCTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatttttactcccttttgcttgcctacttttcttttcattatacaataagaacattagtgattt--atgacatgggttcccagtatgctttacatg
 | |||||  | || |||||||||||||||||  ||||||| || ||||| || ||||||||||||||| || | ||| |||||   ||||| ||     |||||      || |  ||  ||  | |  || |  |   |  | |||   ||  |    ||| |   |||          
ATAAAAAGCTTAGGGGCTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAACCCTGGAACCCCATTGAGTGCAATAGAATATGTCTTGGATAgtgagttttttttccttaacattgct------ctgtcattggcaagagatgattaagattgttctcattggaatatcgattgtttctgatatcag-------

upper sequence: GLYMA17G10990.3 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv17s0000g06450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GTGAAAAGTCTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatttttactcccttttgcttgcctacttttcttttca-ttatacaataagaacattagtgatttatgacatgggttcccagtatgctttacatg-----
 | || || |||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    | ||  |   |||     |  |||||     |  | |||   || |  |||||  | ||     ||  ||  |    ||  |  ||| | |      
ATTAAGAGCCTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAACCCTGCTACACCACTAAGTACAATAGAATATGTCCTTGATGgtgaga---tcttgttgtttttgaggggattacttaaacctaaagttagttaaaattaacatctgaga---gggaattgtatgttgaggttattttcctttggtat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120530037|gb|EH258171.1|EH258171
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|16279059|gb|BI943235.1|BI943235
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTTAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGGCTTAATTATGTCC
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCC
EST: gi|120530104|gb|EH258238.1|EH258238
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTAGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|151411060|gb|EV280871.1|EV280871
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGGCTTTGGTGGCCAG
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGG-CTTTGGTGGCCAG
EST: gi|9204090|gb|BE330314.1|BE330314
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|20498134|gb|BQ273064.1|BQ273064
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCC
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCC
EST: gi|192315606|gb|FK007434.1|FK007434
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|31561607|gb|CD487445.1|CD487445
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|17518711|gb|BM187753.1|BM187753
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|192299621|gb|FG990003.1|FG990003
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|151402328|gb|EV272141.1|EV272141
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|192305816|gb|FG995744.1|FG995744
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|9902199|gb|BE611167.1|BE611167
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGCTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|192320012|gb|FK013018.1|FK013018
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|192320011|gb|FK013017.1|FK013017
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|151393677|gb|EV263552.1|EV263552
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGGCCAG
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGG-CCAG
EST: gi|214006932|gb|DB987730.1|DB987730
EST:     TTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATA                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|120532291|gb|EH260424.1|EH260424
EST:     TTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATA                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|120532291|gb|EH260424.1|EH260424
EST:     TTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATA                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|120530312|gb|EH258446.1|EH258446
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|16278987|gb|BI943197.1|BI943197
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|13240253|gb|BG359562.1|BG359562
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCG
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCG
EST: gi|151396575|gb|EV266452.1|EV266452
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|23053045|gb|BU577536.1|BU577536
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTA
EST: gi|16279320|gb|BI943373.1|BI943373
EST:     GTCTTANACCCCGGTACCCCGCTTA-GTGCCATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTGAATTATGTCCGGTAA-CCCTGGCCTTTG-TGGGCA
genomic: GTCTTAAACCCCGGTACCCC-CTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCG-TAAACCCTGGC-TTTGGTGGCCA
EST: gi|16278773|gb|BI943087.1|BI943087
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTNCGTAAACCCTGGCTTT
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTT
EST: gi|192315605|gb|FK007433.1|FK007433
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|151405334|gb|EV275148.1|EV275148
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|16278985|gb|BI943196.1|BI943196
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|151398064|gb|EV267942.1|EV267942
EST:     TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: TGTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
EST: gi|120530647|gb|EH258780.1|EH258780
EST:     GTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCNCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGGCTTTGGGTGGCC
genomic: GTCTTAAACCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATC-CTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGG-CTTTGG-TGGCC
EST: gi|207776669|gb|GD748731.1|GD748731
EST:     GTCTTAAACCCCCGGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATG                         TGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA
genomic: GTCTTAAACCCC-GGTACCCCCTTAAGTGCAATAGAATATATCCTTGATGgtgagccatt ... gtttttgcagTGGTTGATTTGGTCTTAATTATGTCCGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGA