Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTCTACAGCACTGAGTGCTACTCAGCCAGGTGGCAAAGTTTGCCTAGTGGGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgattttattaaaataataaataaataaaagcttatgtcatttcttacaaactatttatgcacagatacgatatgtttattaatatggggatatgatt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G32360.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51343515|gb|CO984248.1|CO984248
EST:     GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|214005499|gb|DB989189.1|DB989189
EST:     CACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: CACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|209711560|gb|BW676805.1|BW676805
EST:     GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|17963850|gb|BM270594.1|BM270594
EST:     GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|209697633|gb|BW663888.1|BW663888
EST:     GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|213590033|gb|DB982843.1|DB982843
EST:     GAATGGGACATAGTGAAATGACAT-TGACACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GAATGGGACATTCTGAAATGAC-TGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|193449575|gb|FK415154.1|FK415154
EST:     CTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: CTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|151406838|gb|EV276653.1|EV276653
EST:     GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|209706355|gb|BW676315.1|BW676315
EST:     GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: gi|254336144|gb|GR841469.1|GR841469
EST:     GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG                         GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTCTACAGCACTGAGTGCTACTCAGCCAGGTGGCAAAGTTTGCCTAGTGGGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgattttattaaaataataaataaataaaagcttatgtcatttcttacaaactatttatgcacagatacgatatgtttattaatatggggatatgatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG