Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTAATTGACCAGgtaaagtaccatttggaatctctcttgttcggttattttgattccatgagctgtaacattgattgatattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27010.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31464192|gb|CD406220.1|CD406220
EST:     TTGGGAGGACC-------T-----G                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|57575959|gb|CX548930.1|CX548930
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58021292|gb|CX708033.1|CX708033
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|151394261|gb|EV264132.1|EV264132
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|37995997|gb|CF807586.1|CF807586
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58020447|gb|CX707189.1|CX707189
EST:     TTGGGAGGACC-------T-----G                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|16348486|gb|BI974081.1|BI974081
EST:     TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|192295554|gb|FG988128.1|FG988128
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|21677127|gb|BQ629478.1|BQ629478
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58017961|gb|CX704703.1|CX704703
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT