Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCAGTGTCCACACCCCAGGAAGTGGCTATGTGCTGCTACATCATGTGATGGGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTCgtatgtatttctcttgctagcttgatatctttttagtgcataatcagaatgaaattctttttgtcaaaaatatttttcatatgctagagtgatttaaaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G25390.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G25390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv04s0023g01780.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GCCAGTGTCCACACCCCAGGAAGTGGCTATGTGCTGCTACATCATGTGATGGGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTCgtatgtatttctcttgctagcttgatatctttttagtgcataatcagaatgaaattctttttgtcaaaaatatttttcatatgctagagtgatttaaaat
|  ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||||||||||||||  |  || | ||||| ||||   | || |  |   |   | || || || |      |  || || |      |  ||      |||   ||
GGAAGTGTCCACACACCTGGGAGTGGATATGTTCTGCTACATCATGTGATGGGAGAAACCGATGGTGATCGTGGTATTTGGTCgtatgtatcccagtttcaagctttatatgagtatattttaaggttttactgtaaatcatagaaataggaaaatgtaatgcctattattaatgtttttcat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208217348|gb|GE009808.1|GE009808
EST:     TCATGTGATGGGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTC                         ATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGC
genomic: TCATGTGATGGGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTCgtatgtattt ... ttccatgtagATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGC
EST: gi|193458798|gb|FK425119.1|FK425119
EST:     CTGCTACATCATGTGAT-GGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTC                         ATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGC
genomic: CTGCTACATCATGTGATGGGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTCgtatgtattt ... ttccatgtagATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGC