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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGGTAGAGGTTCATATTCATCTTATTACGGGGGTGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggattatttttaagaattttatattctaatttgcagcagcgaattcgcttctaatgttttgtggatttttattcttgtttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G24170.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193490171|gb|FK455506.1|FK455506
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|193573005|gb|FK532500.1|FK532500
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|6847973|gb|AW350263.1|AW350263
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|192321200|gb|FK014290.1|FK014290
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|214007570|gb|DB987371.1|DB987371
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|208240421|gb|GE040077.1|GE040077
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|193555996|gb|FK515615.1|FK515615
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGNTGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|192321199|gb|FK014289.1|FK014289
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|208294080|gb|GE090819.1|GE090819
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
EST: gi|208187375|gb|GD982213.1|GD982213
EST:     TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTG                         GTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG
genomic: TGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggatta ... tcttgtttagGTGGATCTGGAATTGTGGGATAGACATCTTCAAATATAAGCTTGCGGCTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TATGGTAGAGGTTCATATTCATCTTATTACGGGGGTGATGGCTCACATGGGCATGGATACTATTATTAATGTGATGAATCTTTTGgtaaggattatttttaagaattttatattctaatttgcagcagcgaattcgcttctaatgttttgtggatttttattcttgtttag

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