Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTGGTAGGATTGGAAGGTTGGTGTTACGTGTAGCTACTTCCCGAGATGATGTTGATGTTGTTGCAATTAATGATCCATTTATTGATGCAAAATATATGgtatgtaaatgcaaattatgcaattaccttaatgatccttttgtttataatataatatgttcataattttgctattatatagactaatagactattaaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G09020.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G09020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv19s0085g00600.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTTTGGTAGGATTGGAAGGTTGGTGTTACGTGTAGCTACTTCCCGAGATGATGTTGATGTTGTTGCAATTAATGATCCATTTATTGATGCAAAATATATGgtatgtaaatgcaaattatgcaattaccttaatgatccttttgtttataatataatatgttcataatttt------gctattatatagactaatagactattaaat
||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || ||  | |||||| ||||||| || ||| | |||||||||||| ||||||| ||||| |||||| | |  ||||| |||  |  |   |||   ||||   |  |||| || ||  |  | | || | |||       ||||| ||||  | | |      ||    
TTTTGGTCGAATTGGAAGGTTGGTTTTACGAGTAGCAACCTCTAGGGATGATATTGATGTGGTAGCAGTCAATGATCCATTTGTTGATGCCAAATACATGgtaaggatttgcaa-ttagcctgtcttcttgcagatcacctc-tttagaaaatttttggatgatgaatttttggccactattgtataatccagttcgtgttt----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254326010|gb|GR838891.1|GR838891
EST:     ATGTTGATGTTGTTGCAATTAATGATCCATTTATTGATGCAAAATATATG                         GCATACATGTTCAAATATGATTCTACTCATGGTCCATTCAAGGGGACCATT
genomic: ATGTTGATGTTGTTGCAATTAATGATCCATTTATTGATGCAAAATATATGgtatgtaaat ... tctcttgtagGCATACATGTTCAAATATGATTCTACTCATGGTCCATTCAAGGGGACCATT
EST: gi|254346561|gb|GR856283.1|GR856283
EST:     ATGTTGATGTTGTTGCAATTAATGATCCATTTATTGATGCAAAATATATG                         GCATACATGTTCAAATATGATTCTACTCATGGTCCATTCAAGGGGACCATT
genomic: ATGTTGATGTTGTTGCAATTAATGATCCATTTATTGATGCAAAATATATGgtatgtaaat ... tctcttgtagGCATACATGTTCAAATATGATTCTACTCATGGTCCATTCAAGGGGACCATT