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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACAGCTACTTTTATCCTTATCTTCCACTTCATTCCTCTCTATGGCCAGACACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctcgttatgtagttgttgatgactttctaatagtatttgttctccccttgttattttcccccctgtatttgtattgtaaggtattcctttgacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G00560.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G00560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv12s0035g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
AACAGCTACTTTTATCCTTATCTTCCACTTCATTCCTCTCTATGGCCAGACACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctcgttatgtagttgttgatgactttctaatagtatttgttctccccttgttattttcccccctgtatttgtattgtaaggtattcctttgacag
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AACAGCTGTGTTTGTACTTATAATCCACTTCATCCCACAATATGGCCAGACCCATATAATGGTTTACATTGGAGTTTGCTCTCTTGTAGGTTCCTTATCGgtgcgtattggcatttggtagtttctcacttcttgaa-----ttgtgctctgttt-ttacttctagagtgttgtttgtcttg--atggaatgctctgacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38193345|gb|CF922551.1|CF922551
EST:     CACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACG                         GTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
genomic: CACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctcg ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
EST: gi|120530522|gb|EH258655.1|EH258655
EST:     CACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACG                         GTTATGAGTGTTAAGGCTCT-GGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
genomic: CACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctcg ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
EST: gi|208128879|gb|GD927115.1|GD927115
EST:     TGTAGGTTCTCTAACG                         GTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
genomic: TGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctcg ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
EST: gi|58020349|gb|CX707091.1|CX707091
EST:     CACACATAATGGTTTATATTGGTGGTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACG                         GTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
genomic: CACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctcg ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
EST: gi|120531881|gb|EH260014.1|EH260014
EST:     CACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACG                         GTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
genomic: CACACATAATGGTTTATATTGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctcg ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
EST: gi|58016807|gb|CX703549.1|CX703549
EST:     ACACATAATGGTTTATA-TGGTGTTTTGTTCCCTNGTAGGTTCTCTAACG                         GTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG
genomic: ACACATAATGGTTTATATTGGTG-TTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctcg ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCTGGG