Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTACACTTCTTGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttttcattagagttgggtttatggaatgtttggttctgcggtgagtatacaaaaagttgtgtattttatatgaaaatccgaaagcagattgga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G41550.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G41550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G382914_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AACTACACTTCTTGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGg--tactgcttttcattagagttgggtttatggaatgtt----tggttctgcggtgagtatacaaaaagttgtgtattttatatgaaaatccgaaagcagattgga
|||| | ||| |||| ||||| ||||| || ||||||||| | |||||||| |||||| ||||  |||| ||||||||||| || |||||| | |||||||  |  |  ||| ||    |         |||| |  |     |  ||      |     |  ||  | | ||| |   |||     | |      || |      
AACTTCTCTTATTGAGAAGGCGAAGGCAAAGGGGGTTTCTCTTTTGCTTCCCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttatttacacataaacacctcagatggcacttcagaattatttctttctttccctttaatgaatcgtgaaagctattcactagtaattctgccg------

upper sequence: GLYMA15G41550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G79550.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
AACTACACTTCTTGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgta-ctgcttt--tcattagagttgggttt--atgga--atgtttggttctgcggtgagtatacaaaaagttgtgtattttatatgaaaatccgaaagcagattgga-
||   ||||  | || || || ||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||| || || || |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||       |||||   ||||  | |  ||||   |||| ||    |        ||  |     ||   || | ||  | |   |  |  | |    ||| | 
AAAGTCACTCATGGAGAAAGCAAAGGCCAAAGGTGTCTCTCTCTTGCTCCCAACCGATGTGGTTATTGCTGACAAGTTTGCTCCCGATGCTAACAGCAAGgtaactatcacagtcattgtggttgactctcaatgggccatgtatgaaagtaaaacatttaagcgtctggtctggtctctttaaagctgacacatatgactcttgcag

upper sequence: GLYMA15G41550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv19s0085g00370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
AACTACACTTCTTGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtac---------tgcttttcattagagttgggtttatggaatgtttggttctgcggtgagtata-----caaaaagttgt--gtattttatatgaaaatccga----aagcagattgga------------------------
|||| |||||||||||||||||||| | ||||| || ||  |  | || ||  | |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||           | ||| |  || ||      |||             |    | |  | |||      |||  |    |   ||| |  ||||| |||  |      |   | ||  |                        
AACTTCACTTCTTGAAAAGGCCAAGTCCAAAGGTGTCTCACTACTTCTCCCCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgcttgtccttctttttggaaaaaaatttccctgccccaaactctctcagaaaatattttcctcaactatccattgatatgtattatgataatttgtttctgaaagggttaaaaacttctgttcaatgtttttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254319186|gb|GR830534.1|GR830534
EST:     CAACTGATG-TGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|5606153|gb|AI900251.1|AI900251
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|254340233|gb|GR858358.1|GR858358
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|207745279|gb|GD714527.1|GD714527
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|254343943|gb|GR857699.1|GR857699
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|58022166|gb|CX708907.1|CX708907
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|18038916|gb|BM307210.1|BM307210
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|51334886|gb|CO978752.1|CO978752
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|14259501|gb|BG882409.1|BG882409
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|192322343|gb|FK014584.1|FK014584
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|5057670|gb|AI736146.1|AI736146
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGT
EST: gi|16341815|gb|BI967410.1|BI967410
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|254343942|gb|GR857698.1|GR857698
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|209726276|gb|BW659602.1|BW659602
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|254333390|gb|GR841252.1|GR841252
EST:     GTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: GTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|192307310|gb|FK001268.1|FK001268
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|6847800|gb|AW350090.1|AW350090
EST:     CTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGNNNGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|15285378|gb|BI469269.1|BI469269
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGNGTGGATGGNGGTTGGATATTN
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGG-GTGGATGG-GGTTGGATATT-
EST: gi|254333428|gb|GR841290.1|GR841290
EST:     TGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: TGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|24136817|gb|BU927327.1|BU927327
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|254335644|gb|GR847172.1|GR847172
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|27424751|gb|CA936271.1|CA936271
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|15663915|gb|BI701286.1|BI701286
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|58022425|gb|CX709166.1|CX709166
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|193559061|gb|FK511718.1|FK511718
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCA
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCA
EST: gi|209717629|gb|BW653991.1|BW653991
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|254335643|gb|GR847171.1|GR847171
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|254343176|gb|GR859338.1|GR859338
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: gi|254328699|gb|GR833071.1|GR833071
EST:     CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AACTACACTTCTTGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttttcattagagttgggtttatggaatgtttggttctgcggtgagtatacaaaaagttgtgtattttatatgaaaatccgaaagcagattgga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG