Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaactacattgattctcatggttcattacctgcaccatggttcttaatatttgcaaatccacttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G18170.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtg----aaagttcaactacattga----ttctcatggttcattacctgcaccatggttcttaatatttgcaaatccacttcag---------
|| || ||||| || ||||||||||||||| |||| ||| |||| ||| | || ||||| ||||||||||| || |||||||||||     |   ||    |   || |     | | |    ||   || || |   |  |  ||  || | | |  |  | ||||          
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACGAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatctcactctttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattcatttgtaat-gtatttatatttcaaatattttag

upper sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00060.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaactacat-tgattctcatggttcattacctgcaccatggttct-taatatttg---caaatccacttcag---------------
|| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||| | | | || ||||| ||||||||||| || |||||||||||   |  ||| |    | |  |||| |   | |  ||      | |   || | || ||||     | |||  | ||                  
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACAAGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagt---atctcacccttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag

upper sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv11s0052g00290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtg----aaagttcaactacattgattctcatggttcat-----tacctgcaccatggttcttaatatttgcaaatccacttcag
|| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||| |||||||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| |||     |    ||||| |||  |   ||| || ||||      || ||||   || || || ||||    ||      |||||
ATATTTAATGGTGTCTTTCTGAAAGTAAACAAGGCAACAATGAATATGCTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACATACGGgtatgtgttctgactgccaacttcat-aaccttcagggatcatatctccacatgcaatctg-ttattcatatactgaagattgtttcag

upper sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaactacattgattctcatggttcattacctgcaccatggttcttaatatttgcaa-atccacttcag--------------------------
|| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | || ||||  ||||||| ||| || |||||||||||     |   |||   ||| || ||    || |   |||  |  |  ||||| ||  | || |  || || |||                            
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGATGAGCCTTGTGTGACTTATGGgtaagt----atcttactcttttgtttttc----ttaaaatcctataaaa-agttctgaacttgtgtattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag

upper sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaactacattgattctcatggttcattacctgcaccatggttcttaatatt-tgcaaatccacttcag--------------------
|| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | || ||||| ||||||||||| || |||||||||||     |   |||   ||| || || |       ||     |   |     |  ||||| | ||  || | |  |                     
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagt----atctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151410194|gb|EV280009.1|EV280009
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|22932168|gb|BU549307.1|BU549307
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|192327716|gb|FK021351.1|FK021351
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|17023603|gb|BM094637.1|BM094637
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|192295535|gb|FG988109.1|FG988109
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|31456852|gb|CD398880.1|CD398880
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTNACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|8282865|gb|BE020426.1|BE020426
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAG-AGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATG
EST: gi|10232891|gb|BE801779.1|BE801779
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|58021409|gb|CX708150.1|CX708150
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTTCAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|151400307|gb|EV270121.1|EV270121
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|31306158|gb|CD391361.1|CD391361
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|58015969|gb|CX702711.1|CX702711
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|298195246|gb|HO043774.1|HO043774
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|209728368|gb|BW660006.1|BW660006
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|20815022|gb|BQ299500.1|BQ299500
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|33388304|gb|CA851511.1|CA851511
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|209728367|gb|BW660005.1|BW660005
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|15663868|gb|BI701239.1|BI701239
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|192294770|gb|FG986619.1|FG986619
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|9820878|gb|BE556388.1|BE556388
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|151404968|gb|EV274782.1|EV274782
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|12689954|gb|BG156290.1|BG156290
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|151395296|gb|EV265167.1|EV265167
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|192307998|gb|FG998981.1|FG998981
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|58024451|gb|CX711192.1|CX711192
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTTCAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|16996376|gb|BM085748.1|BM085748
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|8284546|gb|BE022114.1|BE022114
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|57574809|gb|CX547784.1|CX547784
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|192307999|gb|FG998982.1|FG998982
EST:     AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGG                         GTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaa ... tccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG