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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctctgttaattaacattcacacctgattactatctatacattttgtaaacaacagcttaattaatgtgaatcttgaccacatttttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G11350.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15287660|gb|BI471551.1|BI471551
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|58023286|gb|CX710027.1|CX710027
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|31308768|gb|CD393971.1|CD393971
EST:     GCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: GCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|151400841|gb|EV270655.1|EV270655
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCTTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|23731152|gb|BU763683.1|BU763683
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|213608886|gb|DB980784.1|DB980784
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|151397563|gb|EV267436.1|EV267436
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|10236465|gb|BE805353.1|BE805353
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAATATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|214006459|gb|DB987212.1|DB987212
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTT-GG-GCATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|21256443|gb|BQ453331.1|BQ453331
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
EST: gi|58016888|gb|CX703630.1|CX703630
EST:     TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG                         GGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG
genomic: TCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctc ... catttttcagGGGATGATTGCTGGTCATGCATATTATTTTCTTGAAGATGTTTATCCTCGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTGgtaatgcctctgttaattaacattcacacctgattactatctatacattttgtaaacaacagcttaattaatgtgaatcttgaccacatttttcag

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