Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGATACTACATTTGAAAAGCAGAGTGCTTTATTTGCTTTGGCTATTTCTGATATAGTGCTAATAAACATgtgagttcttttacgcttccttccttttaattatttttaatatagacttatgctaaaaaatttaaagttagtgtaagcgtgtaactgttgtacttctttgttttaatgtttttttttaagtcaaatcttctttctttgcgcaattgatctttcctcccctttattatttgtaaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G02780.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G02780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0002g02200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GATGATACTACATTTGAAAAGCAGAGTGCTTTATTTGCTTTGGCTATTTCTGATATAGTGCTAATAAACATgtgagttcttttacgcttccttccttttaattatttttaatatagacttatgctaaaaaatttaaagttagtgtaagcgtgtaactgttgtacttctttgttttaatgtttttttttaagtcaaatcttctttctttgcgcaattgatctttcctcccctttattatttgtaaag
||||||||| ||||||| |||||||||||  | |||||| | ||| |||| || ||||||||||| ||||||| |||| | ||||    |    | | ||| | |   |  || ||| ||||| |  |    |||||  |  | | ||   ||| || || || |  ||| |   | |  | | |  | |  | ||| || |||                                          
GATGATACTGCATTTGAGAAGCAGAGTGCCCTTTTTGCTCTTGCTGTTTCAGACATAGTGCTAATCAACATgtaagttttattacaaaacaaggcatataact-tggattctacaga-ttatgtttcag---ttaaacatgttttgag---gtatctctt-taatggtttatgcgagtaatatct--tgaagcgaattttgtttag----------------------------------------