1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GTTGAAATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagcatatacttgtgttaatattttatgtttgaataatggactgtgtgtttgctctgactgcaagtaatgtcttgatggacttttatcaaacactttgttatactttttttggcttttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G38600.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAGGATTTGGATG ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAA-TGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATCEST: gi|298182522|gb|HO031257.1|HO031257
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATCEST: gi|298164264|gb|HO013909.1|HO013909
genomic: GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATCEST: gi|9983218|gb|BE657326.1|BE657326
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: GAATGATGAGAGTNGAGATGCAATTGAAGATTNNGATG ATNANCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCNNNAGGCTCGTTATNEST: gi|192309791|gb|FG999920.1|FG999920
genomic: GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATCEST: gi|192296247|gb|FG992263.1|FG992263
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATCEST: gi|193641956|gb|FK590262.1|FK590262
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATCEST: gi|193342287|gb|FK308563.1|FK308563
genomic: GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: GGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATCEST: gi|193412491|gb|FK379514.1|FK379514
genomic: GGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAGTGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTGAAATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagcatatacttgtgttaatattttatgtttgaataatggactgtgtgtttgctctgactgcaagtaatgtcttgatggacttttatcaaacactttgttatactttttttggcttttag
- - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA