Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGAAATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagcatatacttgtgttaatattttatgtttgaataatggactgtgtgtttgctctgactgcaagtaatgtcttgatggacttttatcaaacactttgttatactttttttggcttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G38600.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208307176|gb|GE101940.1|GE101940
EST:     AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAGGATTTGGATG                         ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAA-TGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: gi|298182522|gb|HO031257.1|HO031257
EST:     GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG                         ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: gi|298164264|gb|HO013909.1|HO013909
EST:     AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG                         ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: gi|9983218|gb|BE657326.1|BE657326
EST:     GAATGATGAGAGTNGAGATGCAATTGAAGATTNNGATG                         ATNANCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCNNNAGGCTCGTTATN
genomic: GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: gi|192309791|gb|FG999920.1|FG999920
EST:     AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG                         ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: gi|192296247|gb|FG992263.1|FG992263
EST:     AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG                         ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: gi|193641956|gb|FK590262.1|FK590262
EST:     GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG                         ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: GAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: gi|193342287|gb|FK308563.1|FK308563
EST:     GGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG                         ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: GGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
EST: gi|193412491|gb|FK379514.1|FK379514
EST:     AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATG                         ATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAGTGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC
genomic: AATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagca ... tggcttttagATCACCCTGAAGATGATGAAGGAGAAATGGTTGTTCCCCAGGCTCGTTATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGAAATGGGTAACTTGAATGATGAGAGTGGAGATGCAATTGAAGATTTGGATGgtgagcagcatatacttgtgttaatattttatgtttgaataatggactgtgtgtttgctctgactgcaagtaatgtcttgatggacttttatcaaacactttgttatactttttttggcttttag

- - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA