Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAGCACAAGTCCACCGTGCAACTCTGCTCAATGGACATGAAGTGGTAGTTAAAGTTCAACATGATGGTATCAAGACAATTATACTGGAGgtttgcttcttttatcctttgggatgtatggatatagaggtccatggaacctttcaaaaggtctttgtacctacatttttttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G20110.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G20110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv04s0008g02740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATAGCACAAGTCCACCGTGCAACTCTGCTCAATGGACATGAAGTGGTAGTTAAAGTTCAACATGATGGTATCAAGACAATTATACTGGAGgttt-gctt-cttttatcctttgggatgtatggatatagaggtccatggaacctttcaaaaggtctttgtacctacatttttttcag----------------------------------------
||||| ||||| || ||||||||||||   | |||  | || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||| ||||||||| || | |||||    |||  |||| || |  ||||      ||      | |||  |  |  ||||     |||  | |  |                                         
ATAGCTCAAGTTCATCGTGCAACTCTGAGAAGTGGGGAAGATGTGGTTGTTAAAGTTCAACATGAGGGCATCAAGACAGTCATATTGGAGgttttgcatgcttttggattttaagatg-attgtgataggaagtaatatctgttgtcattatatggttgt-tgggcatcctatcaaaaaaaaaattatatggttgttgggcttactattggttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213608686|gb|DB968973.1|DB968973
EST:     AAGTGGTAGTTAAAGTTCAACATGATGGTATCAAGACAATTATACTGGAG                         GACTTAAAAAATGCGAAGTCAATTGTTGACTGGATTGCATGGGCTGAGCCA
genomic: AAGTGGTAGTTAAAGTTCAACATGATGGTATCAAGACAATTATACTGGAGgtttgcttct ... tttttttcagGACTTAAAAAATGCGAAGTCAATTGTTGACTGGATTGCATGGGCTGAGCCA