Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAACAGCAAATTTGGCAAACAACCAGATAATTAATTATCGATGTGACCCTACAGAAAAATGGTTGGTTTTGATTGGCATTGCTCCTGGTGCACCTGAGgtatatctctggttcctattgtagtcattgttatcaatcccaaatagtggtgcagagtggctaactttaaaactgttatggcaggatggacctctattct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G06340.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G06340.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0067g01290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GAGAACAGCAAATTTGGCAAACAACCAGATAATTAATTATCGATGTGACCCTACAGAAAAATGGTTGGTTTTGATTGGCATTGCTCCTGGTGCACCTGAGgtatatctctggttcctattgtagtcattgttatcaatcccaaatagtggtgcagagtggctaactttaaaactgt-tatggcaggatggacctctattct
||| || || ||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||  |  |  ||    || |      ||  |       |||||  |  |   |       || |  || | ||| ||    |            |||| 
GAGGACTGCTAATCTGGTAAACAATCAGATAATTAACTATCGATGTGATCCATCTGAAAAGTGGTTGGTTTTGATTGGAATTGCTCCGGGTTCACCTGAGgtatg-caattattttagttctgtcttgtgccaagtgcttcaaattatttttttggacaagcaaatggaataatgtgtacaaaaactcactagctgattca

upper sequence: GLYMA14G06340.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S452_30V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
GAGAACAGCAAATTTGGCAAACAACCAGATAATTAATTATCGATGTGACCCTACAGAAAAATGGTTGGTTTTGATTGGCATTGCTCCTGGTGCACCTGAGgtatatc--tctgg------ttcctattgtagtcat-tgttatcaatcccaaatagtggtgcagagtggctaactttaaaactgttatggcaggatggacctctattct
 ||||| ||||||||| |    ||||| || || || ||||| ||||| ||  | ||||| ||| | || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |   ||||       ||||| |   |   || |||  | |||  |  |   |   |   | | |||    ||| |  | ||  || |  | | | |        
CAGAACTGCAAATTTGACTGGTAACCAAATCATCAACTATCGGTGTGATCCCTCTGAAAAGTGGCTAGTATTGATTGGTATTGCCCCTGGTGCACCTGAGgtacgttgatctgagttaatttcctttctgaacgatgtgtgcttaatatcccacgtttaagagtatttgcttgtgttaga-ttatttgggtatta-gtatca-------