Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G00760.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G00760.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os09g07830.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatat----tgcctttaattcgacactctccttaagatta--gttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag-------------
|| |||| ||||||   |||| ||| ||||  |||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||| |||||   |     | | |||  ||  |||  ||  |  ||   |   |    ||     |  ||  | |||    |  || |||                 
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCTATTGGGCATCAATGATATTGTTGTAGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCTAATGCTCCAAAATACATTGCTGAAGCTAGgtctgcaaagtgttcttttggttgtacatcctgatacagcgcacaataaaagtacaacagaaatttaattggcaaacaatagtatgcgaggaaaagtgta

upper sequence: GLYMA14G00760.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgt---caat-attgcct------ttaattcgacact---ctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag-------
|| |||| ||||||   |||||||| || |  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||| | |||||||| ||||   |||| ||| | |      |  |||| | |     || | |||    | |  | || || || | |  || |  |    |  | | | |        
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtctt-aagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt

upper sequence: GLYMA14G00760.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G830250_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgatt-caatactaaaa-gttcag--------------------------
|| |||| ||||||   |||||| | || |  |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||  || |||||| | |||||||| ||||  | |      ||| || |    |     ||| || ||       | |||||||| |  |||  |||  |||    || ||                          
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAACTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCAGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgt--acacaagtattattttgtggatacatctaatatcag-------gctgaaataaccgaattataatcttaagttatttagtggatacatgcctgtttacttatttg

upper sequence: GLYMA14G00760.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G085474_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttc-ttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag-------------------
|| | || ||||||   |||||  | || |  |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||  || |||||| | |||||||| ||||    |  |   |    | || ||   |  |       || | ||        |||   ||| | | | |  | |    ||                   
TGTTCGCCGCACAGTCAATTCAGCTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCAGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaagtact-gtcttgatacatccagtggtgccggtgcattaccaaagcatatcttgagttatttcacatataggagctgtttacttatttaaatt

upper sequence: GLYMA14G00760.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaac--tgattcaatactaaaagttcag-------------------
|||| || ||||||||||| || || ||    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||| |||||| ||   | ||   ||   |   | | ||||    || | || |   |||   ||| |    ||  |  |||                      
TGCTCGCAGCACAGAGTATCCAGTTGGGTGTCAATGATATTGTTGTGTCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattccc--cacttattcatggttaattatattaaaatttttattaattcaaatcatgactgcccacagattgttttttgttttttttagatgcttc

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16349042|gb|BI974637.1|BI974637
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|7478350|gb|AW666230.1|AW666230
EST:     GGTGGTATGGAAAGCGTGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGAAGGGATGGTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|9986217|gb|BE660325.1|BE660325
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|10843553|gb|BF066841.1|BF066841
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|209700566|gb|BW670310.1|BW670310
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAA
EST: gi|19269211|gb|BM885467.1|BM885467
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTG
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTG
EST: gi|16348094|gb|BI973689.1|BI973689
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|19052939|gb|BM731606.1|BM731606
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|19935544|gb|BQ080482.1|BQ080482
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|120491397|gb|EH219564.1|EH219564
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGT
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGT
EST: gi|192312109|gb|FK003872.1|FK003872
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|193384949|gb|FK351921.1|FK351921
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCTAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|192328380|gb|FK020091.1|FK020091
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|37993878|gb|CF805624.1|CF805624
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGGTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|193670964|gb|FK613800.1|FK613800
EST:     GGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|192317815|gb|FK009407.1|FK009407
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|192312110|gb|FK003873.1|FK003873
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|192329988|gb|FK021574.1|FK021574
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|7233754|gb|AW569097.1|AW569097
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|13481409|gb|BG510752.1|BG510752
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|192302972|gb|FG996988.1|FG996988
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: gi|19345910|gb|BM890790.1|BM890790
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG                         GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG