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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAACTGGCCAACATTTCCACAAGTTTTCATTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaatacccatttcaagagtttttatatttttttacttgttattttgaactcctgtttgaccatacttgacatcatgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G44000.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G44000.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0002g06040.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TAACTGGCCAACATTTCCACAAGTTTTCATTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaatacccatttcaagagtttttatatttttttacttgttattttgaactcctgtttgaccatacttgacatcatgtag
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CCACTGGCCCACATTTCCACAAATATTCATAAAGGGGGAGTTCATAGGGGGATCTGATATTATTCTCAACATGCACCAGgttaatttctatatcaata-tctgtttcttgttttcaatgcagtaatatattgctctaacactgtggtctgtcctgtgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17154054|gb|BM143987.1|BM143987
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|151403951|gb|EV273761.1|EV273761
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCGTCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCCTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|17153892|gb|BM143825.1|BM143825
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|192323236|gb|FK017402.1|FK017402
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|192329314|gb|FK020233.1|FK020233
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|208136320|gb|GD933246.1|GD933246
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|151397263|gb|EV267136.1|EV267136
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|31464055|gb|CD406083.1|CD406083
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATCGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|151410513|gb|EV280328.1|EV280328
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|9203815|gb|BE330039.1|BE330039
EST:     TTAAGGGAGAGTGTATCGGTGGATCAGATATTGTCCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGCAAG-ACAAGCTTAGAGATATCACCTCCAAGCAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTG-AAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAG
EST: gi|58019023|gb|CX705765.1|CX705765
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|192306124|gb|FG996570.1|FG996570
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCGG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|14012002|gb|BG726924.1|BG726924
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTG
EST: gi|208240966|gb|GE037780.1|GE037780
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTA
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTA
EST: gi|10232984|gb|BE801872.1|BE801872
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTAAAAGATATTACGTCCAAGCAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAG
EST: gi|22541152|gb|BU090995.1|BU090995
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|192306123|gb|FG996569.1|FG996569
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCGG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
EST: gi|18039188|gb|BM307482.1|BM307482
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAA
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAA
EST: gi|17021277|gb|BM092311.1|BM092311
EST:     TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG                         ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGT
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TAACTGGCCAACATTTCCACAAGTTTTCATTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaatacccatttcaagagtttttatatttttttacttgttattttgaactcctgtttgaccatacttgacatcatgtag

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