Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctctccacagggtggttgtacttaccgtttgcccaactactagcattttctacagtacagtagtctaatttcacattttaaatagacattaaga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G41110.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G41110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0004g04700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctctccacagggtggttgtacttaccgtttgcccaactactagcattttctacagtacagtagtctaatttcacatttta-aatagacattaaga--
||||  ||||||| || ||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |   ||     | |    |  |    | |   | | ||     || |   ||| |   |    ||| |||||    | | || | |   |      
GAACCGTAGCTGGAGTATATGTGGGAATGGAGTATGGGGCGGAGAGGATTCGTGGCACCAGAGACTGGgtaatttt--gcagtatattgccaaatgttttctgtattcta-tatatatatatgaaacaatgtggctccctattttcattgatcacaaaacatgcttcattc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151393247|gb|EV263122.1|EV263122
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|193370943|gb|FK335280.1|FK335280
EST:     TGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: TGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGAT-CCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|7145805|gb|AW507727.1|AW507727
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|207823816|gb|GD797165.1|GD797165
EST:     AATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: AATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|298163842|gb|HO012575.1|HO012575
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|193333062|gb|FK300808.1|FK300808
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|209698806|gb|BW675734.1|BW675734
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|208084381|gb|GD880551.1|GD880551
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|193711572|gb|FK643037.1|FK643037
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGACAAG
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTG-CA-G
EST: gi|298164926|gb|HO010923.1|HO010923
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|9205325|gb|BE331549.1|BE331549
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATNCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTTGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|192326268|gb|FK015845.1|FK015845
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|192327280|gb|FK017757.1|FK017757
EST:     GTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: GTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|15663192|gb|BI700563.1|BI700563
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|254346962|gb|GR856684.1|GR856684
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|298163921|gb|HO013566.1|HO013566
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|254344721|gb|GR851311.1|GR851311
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|151400903|gb|EV270717.1|EV270717
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|21888132|gb|BQ741345.1|BQ741345
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|298175659|gb|HO015178.1|HO015178
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAATAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|254346963|gb|GR856685.1|GR856685
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|10256009|gb|BE823775.1|BE823775
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|192323064|gb|FK016315.1|FK016315
EST:     ATGCTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|6454783|gb|AW185466.1|AW185466
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|192326659|gb|FK017316.1|FK017316
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|209698805|gb|BW675733.1|BW675733
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|298197536|gb|HO045015.1|HO045015
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|193351154|gb|FK316730.1|FK316730
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|298195162|gb|HO043690.1|HO043690
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|151395761|gb|EV265638.1|EV265638
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAAAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|298171379|gb|HO016411.1|HO016411
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
EST: gi|208294332|gb|GE092163.1|GE092163
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGNTTGGGGGTGCAGTAACTG
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTG
EST: gi|163921384|gb|EH038948.1|EH038948
EST:     ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG                         AAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC
genomic: ATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctct ... tgtactgcagAAGAATGCCATGATTGGGGGTGCAGTAACTGGGGCCCTGGTATCTGCAGCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGgtaattctctccacagggtggttgtacttaccgtttgcccaactactagcattttctacagtacagtagtctaatttcacattttaaatagacattaaga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agggtgg