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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAGgtgggtgcttaagatagccttcattgatattcactgctttgaataaccttgcttttatgggttttttttttaatgattggagagcatagtgtaacattgaggcttttgctgaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G39210.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14125523|gb|BG789961.1|BG789961
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAG                         GTTTTCCAGACT
genomic: GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAGgtgggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACT
EST: gi|15199519|gb|BI423872.1|BI423872
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
genomic: GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAGgtgggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
EST: gi|15813986|gb|BI786261.1|BI786261
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
genomic: GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAGgtgggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
EST: gi|209726298|gb|BW659611.1|BW659611
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
genomic: GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAGgtgggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
EST: gi|7924791|gb|AW830817.1|AW830817
EST:     GTTACGAGGAANAGTTCTATTTTAATCCAAGTGACACTGGATTTAANG                         GTTT-CCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
genomic: GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAA-Ggtgggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
EST: gi|298165233|gb|HO011282.1|HO011282
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAG                         GTTCTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
genomic: GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAGgtgggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
EST: gi|19935096|gb|BQ080126.1|BQ080126
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
genomic: GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAGgtgggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTG
EST: gi|209726043|gb|BW672766.1|BW672766
EST:     GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAG                         GTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTGCTATTTGCTG
genomic: GTTACGAGGAAAAGTTCTATTTTAATCCAGGTGACACTGGATTTAAGgtgggtgctt ... tgctgaacagGTTTTCCAGACTAAATTTGCAAAAGTTGGAGTTGCTATTTGCTG